显色法芯片技术快速鉴定分枝杆菌菌种

作     者：赵源 胡忠义 景奉香 刘志辉 王洁 郑瑞娟 陆俊梅 赵辉 尹俊 ZHAO Yuan;HU Zhong-yi;JING Feng-xiang;LIU Zhi-hui;WANG Jie;ZHENG Rui-juan;LU Jun-mei;ZHAO Hui;YIN Jun

作者机构：内蒙古农业大学生物工程学院呼和浩特010018 上海市肺科医院上海市结核重点实验室 中国科学院上海微系统与信息技术研究所 广州市胸科医院 

基　　金：上海市科委重点专项基金(06DZ22320) 

出 版 物：《中国医药生物技术》 (Chinese Medicinal Biotechnology)

年 卷 期：2007年第2卷第6期

页      码：422-427页

摘      要：目的 利用显色法芯片技术建立快速鉴定分枝杆菌菌种的方法.方法 根据美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的分枝杆菌16S rDNA基因的保守区和突变区(第129～267位核苷酸的A突变区、第430～500位核苷酸的B突变区)分别设计引物和寡核苷酸探针,用地高辛标记引物并制备玻璃芯片.采用双重PCR技术分别对16种分枝杆菌标准株、5种非分枝杆菌标准株和120株分枝杆菌临床分离株(非结核分枝杆菌40株、结核分枝杆菌复合群80株)进行扩增,扩增产物分别与玻璃芯片进行杂交检测,尼龙膜显色,以显现蓝黑色斑点作为阳性信号,并根据其在芯片方阵中的位置判断分枝杆菌种类.根据芯片杂交结果,选取部分经显色法芯片技术检测的临床分离株进行DNA测序.结果 16种分枝杆菌标准株和120株分枝杆菌临床分离株经PCR扩增均各产生2条DNA片段,其中1条长度为272～280 bp,1条长度为183～192 bp.16种分枝杆菌标准株均与芯片上特异性探针杂交,应用显色法芯片技术分析16种分枝杆菌标准株和5种非分枝杆菌标准株的特异性为100%.120株分枝杆菌临床分离株均与分枝杆菌属探针a杂交,其中79株确定为结核分枝杆菌复合群,38株确定为非结核分枝杆菌(不产色分枝杆菌17株,胞内分枝杆菌8株,猿猴分支杆菌6株,瘰疬分枝杆菌5株,偶然分支杆菌2株),另3株只与分枝杆菌属探针a杂交,没有鉴定到种.选取的26株分枝杆菌临床分离株(结核分枝杆菌复合群8株,不产色分枝杆菌5株,胞内分枝杆菌、猿猴分枝杆菌、未鉴定到种的分枝杆菌各3株,瘰疬分枝杆菌、偶然分枝杆菌各2株)DNA测序显示,未鉴定到种的3株分枝杆菌中,1株为结核分枝杆菌突变株,1株为 Mycobacterium lentiflavum,1株为 Mycobacterium arupense,芯片上无后2种菌株的特异性探针;其余23株菌株测序结果与芯片检测结果一致.结论 显色法芯片技术能简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,具有一定的临床推广应用价值.

主 题 词：芯片分析技术 分枝杆菌属 DNA,细菌 聚合酶链反应 

学科分类：1007[医学-药学类] 100705[100705] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 10[医学] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1673-713X.2007.06.005

馆 藏 号：203100462...