基于高通量测序技术的竹䇲鱼微卫星标记开发与评价

作     者：孔啸兰 李敏 陈作志 张俊 许友伟 江艳娥 KONG Xiaolan;LI Min;CHEN Zuozhi;ZHANG Jun;XU Youwei;JIANG Yane

作者机构：农业农村部东海渔业资源开发利用重点实验室上海200090 中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部外海渔业开发重点实验室广州510300 

基　　金：国家重点研发计划(No.2018YFC1406502) 农业农村部财政专项项目(NFZX2018) 农业农村部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室开放课题(201720761) 中国水产科学研究院基本科研业务费(2017YB23) 广东省促进经济发展专项(GDME-2018E004) 中国水产科学研究院南海水产研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2015TS04) 

出 版 物：《海洋渔业》 (Marine Fisheries)

年 卷 期：2020年第42卷第6期

页      码：650-658页

摘      要：通过对竹䇲鱼(Trachurus japonicus)基因组进行RAD-seq高通量测序,共获得19920条微卫星序列,其中2、3核苷酸重复微卫星序列最多(82.11%)。选取89条2、3核苷酸重复的微卫星序列设计引物,经筛选后,共获得27个具有多态性的微卫星标记。利用一个竹䇲鱼群体对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价。结果显示,27对引物扩增的序列中21个位点为2核苷酸重复,重复次数10~13次,6个位点为3核苷酸重复,重复次数为7~9次,等位基因数为3~19(平均9.8),表观杂合度(Ho)为0.344~0.938(平均0.654),期望杂合度(He)为0.336~0.880(平均0.729),多态信息含量(PIC)为0.318~0.882(平均0.707),表明开发的微卫星位点具有较高的遗传多样性。“哈迪-温伯格”平衡(HWE)检测结果显示,25个标记等位基因频率符合HWE。连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象。研究开发的27个微卫星标记可为竹䇲鱼种群遗传学研究提供基础。

主 题 词：竹䇲鱼 RAD-Seq 微卫星标记 

学科分类：07[理学] 0713[0713] 

核心收录：

D　O　I：10.13233/j.cnki.mar.fish.2020.06.002

馆 藏 号：203101578...