基于RNA-seq牡丹SSR标记开发及通用性分析

作     者：罗柳明 李荣琛 李紫瑶 张克中 赵和文 吴静 Luo Liuming;Li Rongchen;Li Ziyao;Zhang Kezhong;Zhao Hewen;Wu Jing

作者机构：北京农学院林木分子设计育种高精尖创新中心北京102206 北京农学院园林学院北京102206 北京林业大学城乡生态环境北京实验室北京102206 

基　　金：国家自然科学基金(31800602) 北京市优秀人才培养资助青年骨干个人项目(2017000020124G120) 北京市属高等学校创新团队建设与教师职业发展计划项目(IDHT20180509) 青年教师科研基金项目(SXQN201704)共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2021年第19卷第3期

页      码：889-898页

摘      要：从牡丹花色候选基因中开发一套SSR标记,为牡丹花色分子遗传学研究和分子标记辅助育种提供帮助。本研究基于高通量转录组测序技术(RNA-seq)获得了278条涉及调控牡丹花色形成的Unigenes序列,利用SSRIT在128条Unigenes中检测到215个SSR位点,出现频率为46.04%。其中优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复,分别占总SSR位点的18.60%、41.86%和36.28%,优势重复基元为TC/GA和AT/TA,分别占二核苷酸重复的30.00%和27.50%。在此基础上,从中选择100对SSR引物合成,以牡丹品种基因组DNA为模板,验证其有效性和多态性。结果表明,有效引物50对(占50%),多态性引物12对(占24%)。12对多态性引物在芍药属12个不同种质内进行通用性检测,转移率范围为83.33%~100%,平均转移率为96.53%,表明牡丹SSR标记在芍药属内具有较高的通用性。利用高通量RNA-seq开发牡丹候选基因SSR标记可为牡丹功能基因挖掘、品种分子身份证构建、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等提供重要的遗传资源。

主 题 词：牡丹 转录组 花色基因 SSR标记 通用性 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.019.000889

馆 藏 号：203102247...