基于高通量测序的结直肠癌组织中环状RNA功能研究与预后分析

作     者：傅中懋 罗再 戎泽印 章建明 李腾飞 余志龙 黄陈 FU Zhong-mao;LUO Zai;RONG Ze-yin;ZHANG Jian-ming;LI Teng-fei;YU Zhi-long;HUANG Chen

作者机构：上海交通大学附属第一人民医院普外科上海200080 

基　　金：国家自然科学基金(81772526) 上海市教育委员会高峰高原学科建设计划(20161425) 上海交通大学医工交叉项目(YG2017MS28) 上海市松江区科技攻关项目(18SJKJGG23,19SJKJGG22) 

出 版 物：《上海交通大学学报（医学版）》 (Journal of Shanghai Jiao tong University:Medical Science)

年 卷 期：2021年第41卷第2期

页      码：187-195页

摘      要：目的·通过分析结直肠癌组织中环状RNA(circular RNA,circRNA)的差异表达谱,揭示结直肠癌的发生机制及差异表达circRNA与结直肠癌患者预后之间的关系。方法·收集上海交通大学附属第一人民医院普外科行结直肠癌根治术12例患者的肿瘤与癌旁正常组织,使用高通量测序技术检测结直肠癌及癌旁组织中circRNA的表达情况。通过基因本体(gene ontology,GO)注释分析及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,对差异表达的circRNA进行功能预测。在显著表达上调与下调的circRNA中各挑选2个circRNA,采用实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,RTqPCR)技术在44对结直肠癌组织中验证测序结果的准确性,通过搜索公共数据库构建这4种circRNA与微RNA(microRNA,miRNA)特异性结合网络图。最后结合患者预后资料判断差异表达circRNA与预后的关系。结果·经高通量测序共检测出20924个circRNA。与癌旁正常组织比较在结直肠癌组织中异常显著表达的circRNA共有373个(︱log2FC︱>1,P<0.05),其中显著上调的有243个,显著下调的有130个。在44对结直肠癌样本中,RT-qPCR验证结果与高通量测序数据筛选的circRNA表达趋势基本一致。通过绘制circRNA-miRNA-mRNA互作网络后发现,与circRNA相关的miRNA与mRNA在结直肠癌患病过程中可能起着关键作用。结合患者预后信息,hsa_circ_0023984、hsa_circ_0008192高表达的患者预后较差;hsa_circ_0020093、hsa_circ_0069922高表达的患者预后较好。结论·结直肠癌组织中存在异常表达的circRNA,这对进一步研究circRNA在结直肠癌发生和发展中的作用机制奠定了基础,对未来新型临床诊断标志物及治疗的发展提供有价值信息。

主 题 词：结直肠癌 环状RNA 预后 调控网络 

学科分类：1002[医学-临床医学类] 100214[100214] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3969/j.issn.1674-8115.2021.02.010

馆 藏 号：203102470...