基于苦瓜转录组序列的SSR分子标记开发

作     者：周银慧 洪宇 曹毅 程蛟文 胡开林 崔竣杰 Zhou Yinhui;Hong Yu;Cao Yi;Cheng Jiaowen;Hu Kailin;Cui Junjie

作者机构：佛山科学技术学院食品科学与工程学院佛山528000 华南农业大学园艺学院广州510642 

基　　金：广东省自然科学基金面上项目(2019A1515011939) 广东省普通高校省级重点科研项目(2018KZDXM016) 广东省科技计划项目(2018B020202007) 佛山科学技术学院高层次人才科研启动资助项目(CGG07127) 佛山科学技术学院研究生自由探索基金项目共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2021年第19卷第6期

页      码：1933-1939页

摘      要：为了全面了解苦瓜转录组SSR位点特征和满足苦瓜分子育种对分子标记的需求,利用MISA软件对来自苦瓜材料‘大沥-11’6个组织的59740条转录组Unigene序列进行SSR位点搜索,共检测出31066个SSR位点,出现频率(发现的SSR个数与总Unigene数之比)为52.00%,平均每2.62 kb出现1个SSR位点。在苦瓜转录组SSR位点中,基元类型主要为三核苷酸,占总SSR位点的42.17%;其次是二核苷酸,占总SSR位点的31.66%。利用Primer 3软件对搜索到的苦瓜转录组SSR位点进行引物设计,然后把获得的引物序列比对回苦瓜的参考基因组,选择上下游引物序列都是唯一比对的序列并去除重复后共获得9135对特异SSR引物。选择MC00上的232对特异SSR引物对‘谭边大顶’和‘华艺320’两个苦瓜品种基因组DNA进行PCR扩增,其中有219对特异引物可扩增出清晰的条带,有效扩增率为94.40%;有31对特异引物扩增产物表现出多态性,多态率为13.36%。本研究开发的苦瓜转录组特异SSR引物为苦瓜的种质资源分析、基因定位、分子标记辅助选择等理论与应用研究提供了引物数据参考。

主 题 词：苦瓜(Momordica charantia) 转录组 SSR 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090202[090202] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.019.001933

馆 藏 号：203102688...