猪流行性腹泻病毒AH-2018-HF1株全基因组序列测定与分析

作     者：孙裴 王震震 李亮 李杰 樊玉镇 殷宗俊 徐前明 王勇 李郁 SUN Pei;WANG Zhenzhen;LI Liang;LI Jie;FAN Yuzhen;YIN Zongjun;XU Qianming;WANG Yong;LI Yu

作者机构：安徽农业大学动物科技学院安徽合肥230036 南京农业大学动物医学院江苏南京210095 

基　　金：合肥市农业行业首席专家工作室(生猪饲养及疫防)项目 现代农业产业技术体系建设专项(CARS-36-生猪) 安徽省生猪产业技术体系项目 农业农村部猪肉质量安全控制重点实验室项目 安徽省自然科学基金项目(1708085MC83) 

出 版 物：《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 (Journal of Northwest A&F University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2021年第49卷第4期

页      码：1-9页

摘      要：[目的]对猪流行性腹泻病毒安徽毒株AH-2018-HF1进行全基因组测序,了解该毒株的分子生物学特征和遗传进化情况,为PEDV的进化和变异研究提供参考。[方法]从PEDV阳性病料(肠道组织)中提取RNA,反转录获得cDNA。将PEDV基因分为9段,设计相应的引物,采用分段重叠法对PEDV基因组进行分段扩增,扩增产物经克隆测序后,采用DNAstar软件拼接,获得全基因组,将此全基因序列与GenBank上公布的国内外25株PEDV毒株进行比对和分析。[结果]PCR扩增获得了4036,3724,2874,3600,3950,4187,3576,2953和1138 bp的9条目标片段,测序拼接后获得了27937 bp的PEDV全长基因组。AH-2018-HF1株与经典株CV777(疫苗株)全基因序列同源性为97.7%,S基因同源性为96.7%,ORF3基因同源性为90.8%。全基因组序列对比发现,AH-2018-HF1株与SD-M株同源性最高,为99.9%;与PEDV/MEX/QRO/02/2017同源性最低,为96%。S基因序列分析结果显示,AH-2018-HF1株在2319-2320位缺失3 bp碱基(GTT);与CV777、LZC株相比,AH-2018-HF1株在459-460位缺失3 bp碱基(ATA);和国内外变异毒株相比,AH-2018-HF1株在174-175位缺失12 bp碱基(CAGGGTGTCAAT),在461-462位插入6 bp碱基(TGGAAA)。ORF3基因序列分析结果显示,AH-2018-HF1株在245-296位有49个碱基缺失。全基因组系统进化树分析表明,AH-2018-HF1与SD-M亲缘性最近,与CV777亲缘性较近,与国内外变异毒株的亲缘关系较远;S基因系统进化结果与全基因组系统进化结果相似;ORF3基因系统进化分析结果与全基因组系统进化结果不同。[结论]AH-2018-HF1仍属于经典毒株,但存在一定的变异,表明PEDV处于不断的进化中。

主 题 词：猪流行性腹泻病毒 全基因组 序列分析 安徽省 

学科分类：090601[090601] 09[农学] 0906[农学-水产类] 

核心收录：

D　O　I：10.13207/j.cnki.jnwafu.2021.04.001

馆 藏 号：203102747...