槟榔转录组SSR位点信息分析

作     者：陈叶 李世鹏 张岩松 刘向慧 押辉远 Chen Ye;Li Shipeng;Zhang Yansong;Liu Xianghui;Ya Huiyuan

作者机构：洛阳师范学院食品与药品学院洛阳471934 

基　　金：河南省高校重点项目(17A180008) 河南省自然科学基金项目(162300410198)共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2021年第19卷第7期

页      码：2273-2278页

摘      要：采用生物信息学方法对槟榔(Areca catechu L.)果实转录组中的SSR位点信息进行分析,以期为槟榔SSR标记开发提供依据。利用MISA工具对槟榔转录组测序获得的Unigene序列进行SSR检索、位点信息分析和SSR引物设计。从94 562条Unigene中共检索到51 245个SSR位点,分布在31 482条Unigene序列中,平均分布距离为1/2.12 kb,发生频率为54.19%。单核苷酸是主要重复类型,所占比例为30.14%。优势重复基元是A/T、AG/TC、GA/CT和TA/AT,分别占单核苷酸的80%、二核苷酸的27%、26%和25%。重复次数以3~11次重复为主,所占比例为69.37%。大部分基序长度集中在12~20 bp之间,所占比例为92.77%。设计获得34 983对SSR引物。研究结果表明槟榔SSR位点分布频率较高、类型丰富、具有较高的多态性潜能和可用性,可为槟榔SSR标记开发、种质资源鉴定、遗传多样性分析、分子标记辅助育种等方面提供的理论基础。

主 题 词：槟榔(Areca catechu L.) 转录组 SSR位点 引物设计 

学科分类：0907[农学-草药学] 08[工学] 0829[工学-安全科学与工程类] 09[农学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.019.002273

馆 藏 号：203103136...