华蟹甲的简化基因组测序及SSR引物开发

作     者：兰进茂 覃瑞 夏婧 LAN Jinmao;QIN Rui;XIA Jing

作者机构：中南民族大学生命科学学院&武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室武汉430074 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(31670229) 

出 版 物：《中南民族大学学报（自然科学版）》 (Journal of South-Central University for Nationalities：Natural Science Edition)

年 卷 期：2021年第40卷第3期

页      码：258-263页

摘      要：中国特有的菊科植物华蟹甲是潜在的抗肿瘤、抗氧化、抗菌等特效药物资源,同时也是具有潜在入侵性的一种大型草本植物.通过简化基因组测序的方法,对华蟹甲的SSR信息进行全面的分析,并据此开发其SSR分子标记.结果表明:华蟹甲简化基因组SSR位点数量和类型丰富,共得到双端含有100 bp六种类型的SSR(一至六核苷酸)的SSR位点46674个,其中包含均有引物片段的SSR数目为43235,片段引物设计率为92%.单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复类型的数量较多,占主导地位.在321种重复单元中,最常见的是单核苷酸重复(A/T)10.利用已合成的200对引物对16个华蟹甲样品进行荧光SSR扩增,共筛选出20对特异性和多态性较高的引物.本研究通过华蟹甲简化基因组测序进行SSR引物开发,为华蟹甲遗传结构、图谱构建、标记辅助育种以及物种管理等方面提供依据并奠定了基础.

主 题 词：华蟹甲 简化基因组测序 SSR分子标记 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071001[071001] 07[理学] 

D　O　I：10.12130/znmdzk.20210307

馆 藏 号：203103683...