基于RNA-seq结果开发猪SSR标记

作     者：李文霞 吴怡琦 杨帅 张燕伟 路畅 杨阳 蔡春波 高鹏飞 郭晓红 李步高 曹果清 LI Wenxia;WU Yiqi;YANG Shuai;ZHANG Yanwei;LU Chang;YANG Yang;CAI Chunbo;GAO Pengfei;GUO Xiaohong;LI Bugao;CAO Guoqing

作者机构：山西农业大学动物科学学院太谷030801 

基　　金：三晋学者支持计划专项经费资助(2016,2017) 山西省“1331工程” 山西省农业重点研发项目(201803D221022-1) 

出 版 物：《畜牧兽医学报》 (ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA)

年 卷 期：2021年第52卷第6期

页      码：1535-1549页

摘      要：旨在开发猪SSR标记,为猪遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、标记辅助选择等奠定基础。本研究基于前期对6月龄大白猪和马身猪背最长肌RNA-seq结果,根据SSR在染色体上的分布、碱基类型、重复次数等的差异随机筛选154个位点,设计合成SSR引物,进行PCR扩增、PAGE检测及克隆测序验证,开发多态性SSR标记。利用开发的SSR标记对马身猪、大白猪、晋汾白猪及山西黑猪等4个猪种各30头6月龄个体进行遗传多样性分析,以评价所开发SSR标记的应用效果。结果,从36 693条转录组Unigene序列中搜索到10 488个SSRs位点,纯合型SSR为9 424个,复合型SSR为1 064个,分布于6 953条Unigene序列,其中4 727条Unigene含有单个SSR, 2 226条 Unigene含有2个及以上SSRs,SSR发生频率为18.95%,出现频率为28.58%。优势SSR重复类型为单、三、二核苷酸重复,其重复次数主要集中于5~22次;优势重复基序序列类型为A/T、AC/GT、GCC/GGC,长度类型为10~20 bp。 随机筛选154个位点进行验证,共有124对引物扩增出清晰、特异的条带,扩增效率为80.52%,其中25对SSR引物具有多态性,占比为16.23%。利用25对SSR引物对4个猪种共120个个体进行遗传多样性分析,共识别到131个等位基因,等位基因数为2~7个,平均等位基因数为5.24,平均有效等位基因数为3.487 1,平均 PIC 为0.646 7,呈高度多态,总体表现出较高的多样性。本研究结果表明,基于猪转录组测序结果开发SSR标记是可行的,结果丰富了猪可用SSR标记数据库,且开发的SSR标记准确可靠,多态性高,可用于猪的遗传多样性分析。

主 题 词：RNA-seq SSR 猪 遗传多样性 

学科分类：0905[农学-林学类] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.11843/j.issn.0366-6964.2021.06.009

馆 藏 号：203103692...