高性价比寡核苷酸基因表达谱芯片的制备方法

作     者：任永红 张科 孙清岚 王亚辉 庄远红 张亮 REN Yong-hong;ZHANG Ke;SUN Qing-lan;WANG Ya-hui;ZHUANG Yuan-hong;ZHANG Liang

作者机构：生物芯片北京国家工程研究中心北京100084 博奥生物有限公司北京102206 湖南第一师范学院小教大专部长沙410205 

基　　金：国家高技术研究发展计划(863计划)(2006AA020701) 

出 版 物：《中国医药生物技术》 (Chinese Medicinal Biotechnology)

年 卷 期：2010年第5卷第1期

页      码：38-43页

摘      要：目的探讨探针长度对寡核苷酸(Oligo)基因芯片杂交信号的影响。方法以大肠杆菌基因表达信息作为实验模型,根据已有大肠杆菌全基因组芯片数据选择覆盖高、中、低杂交信号强度的20个大肠杆菌基因,针对该20个基因分别设计59-mer和70-mer长度Oligo探针,并将2种探针点制在同一张芯片中,同时设阳性对照探针和阴性对照点样液。提取大肠杆菌RNA,经过反转录、扩增、荧光标记后与芯片进行杂交反应,采用激光共聚焦扫描仪扫描芯片,利用数据分析软件提取探针的杂交信号值并进行显著性分析。结果大肠杆菌28SrRNA和18SrRNA条带清晰,无降解带出现,质量合格。芯片杂交结果显示59-mer和70-mer长度探针的杂交效率和杂交信号差异无统计学意义(P=0.9810),阳性对照探针出现阳性杂交信号,阴性对照点样液未检测到杂交信号,符合质控要求。结论59-mer长度探针可用来制备Oligo基因芯片,这不仅降低了基因芯片制作成本,而且将推动基因芯片技术更为普及的应用。

主 题 词：寡核苷酸序列分析 寡核苷酸探针 基因表达谱 

学科分类：1001[医学-基础医学] 10[医学] 

D　O　I：10.3969/cmba.j.issn.1673-713X.2010.01.009

馆 藏 号：203104104...