美国红枫转录组SSR序列分析

作     者：郭聪 陈燕 王莹 谈峰 柯裴蓓 沙文锋 李玉娟 GUO Cong;CHEN Yan;WANG Ying;TAN Feng;KE Peibei;SHA Wenfeng;LI Yujuan

作者机构：江苏沿江地区农业科学研究所江苏南通226541 

基　　金：江苏省农业自主创新资金项目(CX3121) 南通市应用基础研究项目(JC2019046) 江苏沿江地区农业科学研究所青年科技基金项目(YJ005) 

出 版 物：《中南林业科技大学学报》 (Journal of Central South University of Forestry & Technology)

年 卷 期：2021年第41卷第7期

页      码：132-141页

摘      要：【目的】旨在全面了解叶色多彩明亮、抗逆性强的美国红枫SSR位点信息及序列特征,为开发新的功能基因相关且多态性良好的SSR标记提供依据。【方法】以美国红枫不同叶色的叶片为试验材料,经转录组测序后,利用MISA软件对美国红枫1 kb以上的Unigene进行SSR位点搜索;通过Excel软件进行SSR分布和序列特征分析并用Prime 3软件设计引物。【结果】从美国红枫转录组测序数据中共获得Unigene 78 571条,其中长度≥1 kb的Unigene共23 278条。对长度≥1 kb的Unigene进行SSR位点搜索和分析,共获得12 974个SSR位点,出现频率为55.75%,平均约3.7 kb出现1个SSR位点;美国红枫转录组SSR重复碱基类型共有7种,其中单碱基为主要重复类型,占总SSR的54.12%,其次为双碱基和三碱基重复类型,分别占总SSR的20.64%和16.19%,其他的碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.05%。A/T、AT/TA与GAA/TTC分别为单碱基到三碱基的优势重复基元,分别占总SSR的53.95%、8.00%与1.65%,而四碱基的重复基元均较低,在0.05%以下;单碱基到六碱基各基元重复次数集中在5~22次之间,序列长度变化在10~48 bp之间,平均长度为18.43 bp;筛选出10751个SSR符合引物设计要求,共设计出32253对引物,占总SSR的82.87%。【结论】根据转录组测序结果,美国红枫转录组中SSR位点分布频率高,基序类型丰富,具有较高的多态性,在美国红枫遗传多样性和分子标记辅助育种中具有较大的应用潜力。

主 题 词：美国红枫 SSR 转录组 序列分析 

学科分类：07[理学] 0713[0713] 

D　O　I：10.14067/j.cnki.1673-923x.2021.07.016

馆 藏 号：203104504...