水生植物芡实的转录组SSR位点信息分析

作     者：薛博文 孙芳芳 周荣华 徐君 尹渝来 Xue Bowen;Sun Fangfang;Zhou Ronghua;Xu Jun;Yin Yulai

作者机构：苏州市农业科学院苏州215000 

基　　金：苏州市农业科学院院基金项目(20035)资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2021年第19卷第13期

页      码：4437-4442页

摘      要：为了研究水生植物芡实的遗传多样性,本研究利用转录组测序技术开发芡实EST-SSR标记,转录组测序共获取86 829条Unigene,运用MISA软件发掘芡实转录组数据中的SSR位点,并获取了9 640个,其出现频率为11.10%,平均分布距离为7.65 kb。二核苷酸和三核苷酸重复为芡实转录组中的主要重复类型,分别占SSR总数的61.88%和21.55%。出现重复序列的基序共有226种,优势重复基元为A/T、AG/CT和AAG/CTT,出现频率分别为11.25%、50.87%和6.51%。SSR基序长度主要集中在12-20 bp,长度超过20 bp的共有717个,占7.44%。设计并筛选出了11对SSR引物。通过对芡实转录组序列SSR信息的分析,发现芡实SSR位点出现频率高、重复类型多,可为进一步开发芡实SSR标记、遗传多样性提供有效的理论依据。

主 题 词：芡实 转录组 SSR 位点信息 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.019.004437

馆 藏 号：203104578...