黑安格斯牛CEBPA基因的克隆及生物信息学分析

作     者：周子航 封元 王瑜 蒋秋斐 张娟 马正旭 黄增文 冯小芳 郭菊 王影 禹保军 王卫振 顾亚玲 ZHOU Zihang;FENG Yuan;WANG Yu;JIANG Qiufei;ZHANG Juan;MA Zhengxu;HUANG Zengwen;FENG Xiaofang;GUO Ju;WANG Ying;Yu Baojun;WANG Weizhen;GU Yaling

作者机构：宁夏大学农学院宁夏银川750021 宁夏畜牧工作站宁夏银川750001 

基　　金：宁夏回族自治区农牧厅2017年第一批农业财政计划基金项目“宁夏安格斯牛核心群建设项目” 

出 版 物：《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 (Journal of Northwest A&F University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2021年第49卷第8期

页      码：33-43页

摘      要：【目的】探究宁夏地区黑安格斯牛CEBPA基因编码蛋白的结构与功能,为我国肉牛分子育种提供参考。【方法】以24月龄健康黑安格斯牛背最长肌组织为材料,使用GenBank中公布的牛CEBPA基因序列,对其CDS区设计特异性引物,进行编码区的扩增、基因克隆、测序,并对编码区进行功能生物信息学分析。【结果】黑安格斯牛CEBPA基因编码区长570 bp,编码189个氨基酸;CEBPA基因编码蛋白质无跨膜结构域,含有1个CpG岛,17个磷酸化位点,7个B细胞抗原表位,4个保守结构域,与bZIP_2蛋白存在重叠区域(113~165 aa),为非分泌型不稳定水溶性蛋白;空间结构以α-螺旋为主;CEBPA蛋白主要位于细胞核中,GO注释分析表明,其可能在生物过程中参与转录调节和DNA模板化,在分子功能中与脱氧核糖核酸结合转录因子活性相关,与亚细胞定位结果相符;在黑安格斯牛中未发现CEBPA共表达基因,但与其他有机体存在10个共表达基因;轮廓隐马尔可夫模型的生物序列同源搜索发现,黑安格斯牛CEBPA基因编码氨基酸序列与InterPro蛋白质数据库存在1025条结构相似的同源序列,且主要分布在真核生物中;系统发育进化树分析表明,黑安格斯牛与牦牛的亲缘关系最近。【结论】CEBPA基因编码产物可能在细胞材料中发挥生物学作用,与GO注释和CpG岛分析结果一致,可用于CEBPA蛋白功能的研究。

主 题 词：肉牛 CEBPA基因 黑安格斯牛 生物信息学 可变剪接体 

学科分类：0905[农学-林学类] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.13207/j.cnki.jnwafu.2021.08.005

馆 藏 号：203104640...