珊瑚菜转录组的SSR位点信息分析

作     者：李玲丽 周义峰 徐明 李密密 徐増莱 Li Lingli;Zhou Yifeng;Xu Ming;Li Mimi;Xu Zenglai

作者机构：江苏省中国科学院植物研究所南京210014 江苏省农业种质资源保护与利用平台南京210014 

基　　金：国家自然科学基金项目(31600169)资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2021年第19卷第14期

页      码：4708-4713页

摘      要：珊瑚菜(Glehnia littoralis)又名北沙参,是一种常用药食同源植物。现珊瑚菜野生种群十分稀缺,是国家二级保护植物之一。本研究通过MISA软件对珊瑚菜转录组78828条Unigenes中简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点信息进行挖掘与分析,共鉴定出14421个SSR位点,SSR发生频率为15.43%。珊瑚菜转录组SSR位点的种类从单碱基到六碱基重复均有分布,主要重复类型是单核苷酸和双核苷酸,分别占SSR总数的39.98%和40.98%。SSR位点的最小重复次数分布为5次,最大重复次数分布为24次,6和10次是SSR位点数量最多的重复次数,分别有3102和2672个,分别占总SSR数目的21.51%和18.53%。利用引物设计软件Primer 6.0软件,共设计出2894对引物。随机筛选出20对引物进行扩增验证,有12对引物扩增出片段。本研究结果表明珊瑚菜转录组SSR位点出现频率与密度较高且重复类型丰富,可为珊瑚菜遗传图谱的建立、遗传多样性的分析、物种的鉴定和育种等研究提供技术依据。

主 题 词：珊瑚菜 转录组 SSR位点 

学科分类：1008[医学-中药学类] 10[医学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.019.004708

馆 藏 号：203104659...