基于重测序鉴定SbHKT基因在陆地棉基因组中的插入位点

作     者：徐鹏 郭琪 徐珍珍 孟珊 陈天子 沈新莲 Xu Peng;Guo Qi;Xu Zhenzhen;Meng Shan;Chen Tianzi;Shen Xinlian

作者机构：江苏省农业科学院经济作物研究所/农业部长江下游棉花与油菜重点实验室南京210014 

基　　金：国家科技重大专项——转基因生物新品种培育(2016ZX08005-004-002) 

出 版 物：《棉花学报》 (Cotton Science)

年 卷 期：2021年第33卷第4期

页      码：377-383页

摘      要：【目的】明确SbHKT基因棉花HKT-1株系的插入位点序列特征。【方法】对HKT-1株系重测序,本地BlastN比对获得插入位点处的侧翼序列,设计聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)特异引物验证插入位点的准确性。【结果】获得SbHKT基因插入位点处107 bp的左边界(Left border,LB)端侧翼序列HKT1_LSEQ,122 bp的右边界(Right border,RB)端侧翼序列HKT1_RSEQ;锚定基因组后显示SbHKT基因的插入引发了陆地棉染色体结构变异。分别根据LB和RB端侧翼序列设计PCR特异引物扩增HKT-1株系T-DNA全长,目的条带含有完整的T-DNA骨架序列以及SbHKT基因序列,证实HKT1_LSEQ和HKT1_RSEQ是同一个插入位点的左右侧翼序列。【结论】基于重测序技术获得了SbHKT基因在陆地棉基因组中的侧翼序列,建立了SbHKT基因转化体特异性检测方法。

主 题 词：陆地棉 重测序 SbHKT 插入位点 侧翼序列 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.11963/cs20190115

馆 藏 号：203104807...