3款猪50K SNP芯片基因型填充效果研究

作     者：邱奥 王雪 孟庆利 张勤 丁向东 

作者机构：中国农业大学动物科学技术学院北京100193 北京养猪育种中心北京102202 山东农业大学动物科技学院山东泰安271001 

基　　金：财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系 河北省重点研发计划项目(19226376D) 国家重点研发计划项目(2019YFE0106800) 

出 版 物：《中国畜牧杂志》 (Chinese Journal of Animal Science)

年 卷 期：2021年第57卷第S1期

页      码：33-38页

摘      要：高密度SNP芯片目前已广泛应用于畜禽性状遗传解析和育种实践中,芯片类型和密度也各有不同,不便统一使用,影响群体规模扩大,进而影响遗传解析和分子育种的效力。基因型填充提供了将不同芯片统一使用的可能,本研究比较了3款由不同研究机构和公司设计的猪50K SNP芯片(Geneseek、中芯一号、液相50K)基因型填充效果,以探索猪不同芯片统一使用的可行性。本研究采集2043头法系大白猪,分别使用上述3款芯片对个体进行基因型分型,不同2款芯片分别有100(Geneseek与中芯一号)、57(Geneseek与液相50K)、100(中芯一号与液相50K)头相同个体进行检测。采用直接填充和合并填充2种策略比较3款芯片基因型填充效果,通过共同个体基因型一致性和相关系数评价基因型填充准确性。结果表明,直接填充中,相同参考群体规模下,液相50K作为基因型填充参考群体最理想,Geneseek和中芯一号填充至液相50K准确性最高,Geneseek和液相50K 2款芯片由于相同位点最多,互相填充的基因型准确性更高,平均基因型准确率为0.92。合并填充能够扩大不同芯片的标记数量,增加了填充参考群体规模,但填充准确性Geneseek和液相50K组合时略低于直接填充。当Geneseek和中芯一号、液相50K和中芯一号组合时,合并填充表现则略有不同,合并填充有助于Geneseek和液相50K填充准确性提升,但降低了中芯一号填充的准确性。相同位点多的Geneseek和液相50K芯片合并填充效果最好。研究结果同时表明,扩大填充参考群体规模是提高基因型填充准确性的有效途径。本研究表明3款猪50K芯片之间的基因型填充是可行的,为我国猪分子育种提供了参考。

主 题 词：猪 SNP芯片 基因型填充 液相50K 

学科分类：0905[农学-林学类] 09[农学] 090501[090501] 

D　O　I：10.19556/j.0258-7033.20210617-02

馆 藏 号：203105002...