菊苣EST-SSR分子标记开发及通用性分析

作     者：梁小玉 季杨 胡远彬 易军 白史且 张靓 张新全 LIANG Xiao-yu;JI Yang;HU Yuan-bin;YI Jun;BAI Shi-qie;ZHANG Jing;ZHANG Xin-quan

作者机构：四川省畜牧科学研究院四川成都610066 四川农业大学动物科技学院四川成都611130 四川省林业和草原局四川成都610082 

基　　金：四川省科技计划项目(2021YFYZ0013-4) 四川省现代畜牧业发展类项目(SASA2021CZYX003)资助 

出 版 物：《草地学报》 (Acta Agrestia Sinica)

年 卷 期：2021年第29卷第9期

页      码：2081-2090页

摘      要：为了开发菊苣(Cichorium intybus)简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分子标记,采用菊苣表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)序列设计EST-SSR引物,并验证引物的有效性和通用性。结果表明:菊苣EST序列中共搜索到648个SSR位点,146种重复基序,SSR出现频率为1.61%;三核苷酸重复类型最多(46.45%),TC/GA基序出现频率最高(14.35%);152对EST-SSR引物在菊苣中的有效扩增率和多态率分别为78.29%和57.24%。其中37对引物在31份莴苣亚族(Lactucinae Less.)材料中的扩增转移率为86.05%,遗传多样性分析显示不同种间存在明显的遗传分化,聚类结果与材料的地理来源有较高相关性。综上所述,基于菊苣EST序列开发的SSR引物可用于菊苣及其近缘属种遗传多样性分析及种间鉴定,为菊苣族(Lactuceae Cass.)种质资源评价、系统进化研究及分子标记辅助育种奠定了重要基础。

主 题 词：菊苣 EST-SSR分子标记 信息分析 遗传多样性 通用性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 090102[090102] 

核心收录：

D　O　I：10.11733/j.issn.1007-0435.2021.09.027

馆 藏 号：203105102...