与SARS-CoV有交叉免疫反应的SARS-CoV-2 S蛋白B细胞抗原表位预测

作     者：高竞溪 高珂星 鲁非 纪锋 郭志刚 GAO Jing-xi;GAO Ke-xing;LU Fei;JI Feng;GUO Zhi-gang

作者机构：南京师范大学生命科学学院南京210046 

基　　金：国家自然科学基金项目(81872284) 江苏省自然科学基金(BE2018714) 

出 版 物：《生物技术通报》 (Biotechnology Bulletin)

年 卷 期：2021年第37卷第10期

页      码：169-178页

摘      要：综合预测可与SARS-CoV发生交叉免疫反应的SARS-CoV-2棘突蛋白(S蛋白)优势B细胞抗原表位,为开发SARS-CoV-2和SARS-CoV S蛋白通用表位疫苗和相关单抗奠定基础。采用MEGA5.05中的Neighbor-joining法构建基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列的系统发生树;参考SARS-CoV-2毒株与SARS-CoV毒株S蛋白氨基酸序列比对及跨膜分析结果,筛选出二者可能存在的共同抗原表位区段(944-1213aa)。以SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1株为研究对象,其目标区段的亲水性指数、柔性区段、蛋白质表面可能性和抗原指数等参数由DNAStar软件中的Protean模块进行分析预测;结合Phyre2在线工具模拟的空间结构,综合预测可与SARS-CoV发生交叉免疫反应的SARS-CoV-2 S蛋白B细胞优势抗原表位。SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列与SARS-CoV S蛋白具有最高相似性(77.5%),与其它可感染人类的冠状病毒(MERS-CoV、HCoV-HKU1、HCoV-NL63、HCoV-229E)S蛋白存在显著差异,相似性均低于30.3%。Wuhan-Hu-1株S蛋白具有3个疏水核心,可能存在较强的可变性。目标B细胞抗原表位大概率分布于959-966、973-979、1003-1011、1030-1037、1057-1070、1079-1085、1123-1132、1174-1179位氨基酸区段。预测的SARS-CoV-2和SARS-CoV S蛋白共同抗原表位可为通用表位疫苗的设计、单抗的制备、相关药物的快速筛选等工作提供参考。

主 题 词：SARS-CoV-2 SARS-CoV 棘突蛋白 B细胞抗原表位 交叉免疫 

学科分类：1001[医学-基础医学] 100102[100102] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2020-1474

馆 藏 号：203106260...