基于基因表达谱的癌症亚型分类模型研究

作     者：段华 黄军帅 张珊 DUAN Hua;HUANG Junshuai;ZHANG Shan

作者机构：山东科技大学数学与系统科学学院山东青岛266590 

基　　金：国家自然科学基金(61202152) 山东省科技发展项目(ZR202102230289,ZR202102250695,ZR2019LZH001,ZR2017MF027) 山东省泰山学者计划专项 山东科技大学科研创新团队支持计划项目(2015TDJH102) 优秀教学团队建设计划(JXTD20180505) 

出 版 物：《数学建模及其应用》 (Mathematical Modeling and Its Applications)

年 卷 期：2021年第10卷第3期

页      码：23-29页

摘      要：随着机器学习和生物信息学的快速发展,癌症亚型分类成为当前研究热点之一.根据亚型的分类,可以指导癌症的治疗和预后.近年来,许多监督学习方法被用于癌症亚型分类.考虑到高维、样本数量少和数据不均衡等特点,本文首先利用LDA进行降维,其次利用SMOTE算法均衡数据,再利用Extra-Trees模型对癌症亚型进行分类,最后基于TCGA中9种癌症25种癌症亚型的3296个样本来验证模型的有效性.实验结果表明,利用给出的模型进行癌症亚型分类具有很好的效果.

主 题 词：癌症亚型 分类 极端随机树 线性判别分析 SMOTE算法 

学科分类：07[理学] 070104[070104] 0701[理学-数学类] 

D　O　I：10.19943/j.2095-3070.jmmia.2021.03.03

馆 藏 号：203106373...