藏猪MYL1基因的克隆及生物信息学分析

作     者：巩兴龙 罗布白珍 韦明邦 肖青青 徐士军 叶幼荣 张健 商鹏 GONG Xinglong;Luobubaizhen;WEI Mingbang;XIAO Qingqing;XU Shijun;YE Yourong;ZHANG Jian;SHANG Peng

作者机构：西藏农牧学院动物科学学院西藏林芝860000 西藏特色农牧资源研发省部共建协同创新中心西藏林芝860000 林芝市巴宜区畜牧兽医总站西藏林芝860001 

基　　金：中央引导地方项目(YDZX20195400004426) 中央支持地方高校改革发展资金项目(2018XZ503118003) 大学生实践技能提升计划项目(藏预财指2020-001号) 中国农业大学基本科研业务费专项资金项目(2019TC002) 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2022年第2期

页      码：122-127,132,140-142页

摘      要：为了克隆藏猪肌球蛋白轻链1 (myosin light chain 1, MYL1)基因编码区序列,并对其进行生物信息学分析,试验根据NCBI网站GenBank中公布的野猪MYL1基因mRNA序列(登录号为NM;14374.2)设计特异性引物,以提取的藏猪背最长肌组织总RNA反转录得到的cDNA为模板,对藏猪MYL1基因编码区序列进行PCR扩增,将目的基因进行测序,应用生物信息学分析软件对藏猪MYL1基因编码区序列的同源性、蛋白质的结构和功能(氨基酸组成、一般理化性质、疏水性、二级结构及三级结构、磷酸化位点、跨膜螺旋结构和信号肽亚细胞定位及蛋白网络互作)进行分析。结果表明:藏猪MYL1基因编码区序列全长为453 bp;藏猪与野猪的亲缘关系最近,与斑马鱼的亲缘关系最远;藏猪MYL1基因编码区序列与野猪、牛、智人、马、绵羊、犬、穴兔、家鼠、鸡和斑马鱼的核苷酸序列相似性分别为100%、92.1%、91.4%、91.2%、91.2%、90.5%、90.3%、89.2%、80.6%和68.2%;藏猪MYL1蛋白存在19种氨基酸,由150个氨基酸组成;藏猪MYL1蛋白分子质量为16 657.86 u,分子式为C;H;N;O;S;,脂肪系数为79.33,理论等电点pI为4.63,不稳定系数为37.81,负电荷氨基酸残基(Asp+Glu)总数为26个,正电荷氨基酸残基(Arg+Lys)总数为15个,理论半衰期为30 h,为亲水蛋白;二级结构中α螺旋占比最大(58.67%),其次为无规则卷曲(24.67%),β转角(8.67%)和延伸链(8.00%)占比较小;三级结构与二级结构预测结果相符合;氨基酸序列中共有16个磷酸化位点,其中有8个丝氨酸磷酸化位点,6个苏氨酸磷酸化位点,2个酪氨酸磷酸化位点;无跨膜螺旋结构,为非跨膜蛋白;无信号肽,为非分泌蛋白;主要定位于细胞质(47.8%)中,在细胞核约占26.1%,在细胞骨架约占8.3%,在内质网、高尔基体、分泌系统的囊泡、液泡中均约占4.3%;与TNNC2蛋白及MYH1、MYH3、MYH7等蛋白之间存在互作网络关系,与TNNC2蛋白相关系数高达0.999,与肌球蛋白重链家族MYH1、MYH3和MYH7蛋白相关系数分别为0.979,0.975和0.971,与MYBPC1和TPM1蛋白相关系数均为0.969,与TPM2和TNNI3蛋白相关系数均为0.965。说明藏猪MYL1基因可能具有较强大的生物学功能。

主 题 词：藏猪 MYL1基因 克隆 肌肉 生长发育 生物信息学 

学科分类：0905[农学-林学类] 09[农学] 

D　O　I：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2021.03.0301

馆 藏 号：203107150...