基于RAD-seq的荸荠SSR标记开发

作     者：何芳练 董伟清 邱祖杨 蒋慧萍 刘莉莉 陈琦 黄诗宇 He Fanglian;Dong Weiqing;Qiu Zuyang;Jiang Huiping;Liu Lili;Chen Qi;Huang Shiyu

作者机构：广西壮族自治区农业科学院生物技术研究所南宁530007 荔浦市农业农村局荔浦546600 南宁新技术创业者中心南宁530007 

基　　金：广西创新驱动发展专项(桂科AA17204045-8)资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2022年第20卷第1期

页      码：210-217页

摘      要：荸荠(Eleocharis dulcis)是一种重要的特色水生蔬菜,为开发用于荸荠遗传学研究的简单重复序列(SSR)分子标记,本研究基于RAD-seq技术对荸荠进行简化基因组测序,并进行SSR标记开发与引物设计。结果显示,共检测到5039个SSR位点,其中4127个SSR位点可利用并成功设计引物。在可利用的SSR位点中,三碱基重复基序类型所占比例最高,数量为1894个,占位点总数的45.89%;其次是二碱基重复基序类型,数量为1406个,占位点总数的34.07%。随机选取了100对引物进行有效性验证,扩增成功率为93%,从扩增成功的引物中选取83对引物对两个品种进行多态性检测,83对引物共得到232条条带,其中多态性条带为128条,具有多态性的引物为60对,多态性比率为72.28%。通过RAD-seq开发的荸荠SSR标记有效性和多态性较高,为后期荸荠种质资源的高效利用、品种的遗传改良及分子育种提供了基础。

主 题 词：荸荠(Eleocharis dulcis) RAD-seq SSR 分子标记 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090202[090202] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.020.000210

馆 藏 号：203107200...