多源异构作物组学数据融合方法研究——以高粱为例

作     者：张翔鹤 闫燊 樊景超 ZHANG Xianghe;YAN Shen;FAN Jingchao

作者机构：中国农业科学院农业信息研究所北京100081 国家农业科学数据中心北京100081 

基　　金：内蒙古自治区科技重大专项“马铃薯产业链智慧管控关键技术研发与示范”(2021SZD0026) 

出 版 物：《数据与计算发展前沿》 (Frontiers of Data & Computing)

年 卷 期：2022年第4卷第1期

页      码：42-52页

摘      要：【目的】作物组学研究是农业作物科学发展的未来研究趋势,在数据密集型科学研究背景下,作物组学数据存在数据量大、来源多、结构复杂的特点,对多源异构作物组学数据的融合有利于优质作物种质资源的挖掘,助力农业科技发展。【方法】运用文献调查和网络数据收集法,对当前作物组学数据的分布和数据组织结构进行了分析,得出了多组学数据资源的主要特征;以高粱为例通过语义分析和文献查询方法,优化设计得到新的高粱多组学数据标准元数据,并开发脚本实现了不同数据库元数据到标准元数据的映射和转换,基于元数据实现了对多源数据的融合;通过整合mapping、变异分析、DEG计算等多种生物信息学方法,实现了对异构组学数据的融合。【结果】形成了高粱多源异构组学数据融合方法,能够实现对NCBI、EMBL、PlantGDB、国家农业科学数据中心等数据库中基因组、转录组、代谢组、表型组数据的融合。【局限】需进行数据源、标准元数据的针对性开发,以满足在其它作物中推广的实际需求。【结论】本文基于元数据和生物信息学方法,开发得到了作物多源异构组学数据的融合方法,具有普适性,可在其它作物品种中推广应用。

主 题 词：组学数据 多源异构 数据融合 高粱 

学科分类：12[管理学] 1201[管理学-管理科学与工程类] 09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

D　O　I：10.11871/jfdc.issn.2096-742X.2022.01.004

馆 藏 号：203108448...