通用引物高通量测序扩增GⅡ.4 Sydney[P31]型诺如病毒基因组及进化分析

作     者：朱曦 王鹏飞 闫玉晓 章青 李慧莹 靳淼 段招军 Zhu Xi;Wang Pengfei;Yan Yuxiao;Zhang Qing;Li Huiying;Jin Miao;Duan Zhaojun

作者机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 上海吉玛制药技术有限公司上海201203 兰州大学第一临床医学院上海730000 

基　　金：国家科技重大专项(2017ZXl0104001-003-001) 

出 版 物：《中华实验和临床病毒学杂志》 (Chinese Journal of Experimental and Clinical Virology)

年 卷 期：2022年第36卷第1期

页      码：15-20页

摘      要：目的分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法,扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组,并应用高通量测序技术对其基因组测序,对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果利用初步建立的GⅡ组基因组扩增方法,8株GⅡ.4 Sydney[P31]株中,6株扩增成功并获得基因组序列。通过系统进化分析表明,本研究获得的自2017—2020年6株毒株和2015—2019年的GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇,2013年我国毒株GZ20133135株与2012—2014年GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇。血型抗原受体结合位点(HBGAs)分析表明2014年以后的毒株在SiteⅡ发生了氨基酸突变Asp372Asn。通过抗原表位分析,2017年以后的毒株,在A表位(297、372和373)、B表位(333)、E表位(414)和H表位(309、310)都发生了变化;2020年的毒株20HN261和20HN253株在A表位(368)和G表位(355)较之前的毒株出现了新变化。结论本研究确定了我国流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因组关键位点变异情况,跟踪新毒株的出现提供了科学依据,为针对我国流行株疫苗研发设计提供了基础数据。

主 题 词：诺如病毒 基因组 系统进化分析 

学科分类：1007[医学-药学类] 100705[100705] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 10[医学] 

D　O　I：10.3760/cma.j.cn112866-20211013-00183

馆 藏 号：203108966...