连续微流控生物芯片下基于序列对的流层物理设计算法

作     者：朱予涵 黄鸿斌 林泓星 陈伟斌 刘耿耿 徐宁 黄兴 Zhu Yuhan;Huang Hongbin;Lin Hongxing;Chen Weibin;Liu Genggeng;Xu Ning;Huang Xing

作者机构：福州大学计算机与大数据学院福州350116 武汉理工大学信息工程学院武汉430070 Department of Electronic Design AutomationTechnical University of Munich Munich 80333 

基　　金：国家自然科学基金(61877010,11501114) 国家重点基础研究发展计划(2011CB808000) 福建省自然科学基金(2019J01243) 

出 版 物：《计算机辅助设计与图形学学报》 (Journal of Computer-Aided Design & Computer Graphics)

年 卷 期：2022年第34卷第4期

页      码：535-544页

摘      要：针对流层物理设计的2个阶段,即组件布局与布线通常被分开考虑,忽略了它们之间的交互作用,从而导致设计质量以及生物芯片执行效率下降的问题,提出一种有效的连续微流控生物芯片下基于序列对的流层物理设计算法.首先基于可以快速对布局方案进行枚举和计算的序列对表示方法,通过具有更高求解效率的离散粒子群优化算法得到组件布局解,进一步提高布局解的质量;然后在布线阶段将组件对之间的曼哈顿距离作为布线顺序的考虑依据,并通过基于协商布线算法进行布线,有效地减少流通道交叉点数量;最后考虑布局和布线的交互作用,根据布线的反馈信息进行针对流通道交叉点区域的布局调整,从而衔接组件布局与流通道布线阶段.采用实际生化应用反应与合成的基准测试集,复现基于模拟退火布局和协商布线的流层物理设计算法作为对比算法进行实验,结果表明,所提算法的流通道交叉点数量优化了74.94%,芯片面积优化了5.04%,流通道总长度优化了16.88%,得到高质量流层物理设计方案.

主 题 词：连续微流控生物芯片 流层物理设计 布局调整 离散粒子群优化 基于序列对表示 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 08[工学] 080203[080203] 0703[理学-化学类] 0802[工学-机械学] 

核心收录：

D　O　I：10.3724/SP.J.1089.2022.19445

馆 藏 号：203110416...