基于跨反向剪接位点引物特异性检测circRNA的PCR方法
作者机构：山东农业大学园艺科学与工程学院山东果蔬优质高效生产协同创新中心作物生物学国家重点实验室泰安272018 宁夏农林科学院园艺研究所银川750002
基 金：山东省自然科学基金青年项目(ZR2020QC148) 宁夏农业关键技术攻关项目 国家现代农业产业技术体系资助(CARS-29-zp-2)
出 版 物：《生物技术通报》 (Biotechnology Bulletin)
年 卷 期：2022年第38卷第5期
页 码：279-285页
摘 要：为了特异扩增circRNA发生可变反向剪接环化事件时被包含的circRNA,准确分析目标circRNA的表达水平。首先通过生物信息学分析葡萄高可信度circRNA的可变反向剪接环化事件特征,提出一种适用于葡萄circRNA可变反向剪接环化事件的引物设计改良方法,即一端引物的3 端跨反向剪接位点3-4个碱基,并运用RT-PCR和qRT-PCR方法进行验证。结果表明,高可信度葡萄circRNA的来源基因中有21.7%存在可变反向剪接环化事件,可分为并列、交叉和包含关系。选取4组circRNA进行扩增,其中circRNA_4363、circRNA_6017、circRNA_6044和circRNA_7086分别被circRNA_4364、circRNA_6018、circRNA_6045和circRNA_7085包含,使用常规背向引物对被包含的4个circRNA进行RT-PCR可获得2条扩增条带,且qRT-PCR溶解曲线为双峰。通过应用改良引物对circRNA_4363、circRNA_6017和circRNA_7086进行RT-PCR和qRT-PCR可获得单一扩增产物。相较于常规背向引物,使用改良引物可以特异扩增发生可变反向剪接环化事件时被包含的circRNA,使其定量分析结果更加准确可靠。
主 题 词：circRNA qRT-PCR 背向引物 可变反向剪接
学科分类：0710[理学-生物科学类] 071010[071010] 081704[081704] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-轻工类]
核心收录：
D O I：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2021-0746
馆 藏 号：203111859...
