海蓬子属植物EST序列的SSR信息分析与标记开发

作     者：黄益洪 张强 张大勇 徐照龙 许玲 刘晓庆 何晓兰 马鸿翔 

作者机构：江苏省农业生物学重点实验室江苏省农业科学院农业生物技术研究所江苏南京210014 南京晓庄学院江苏南京211171 

基　　金：江苏省农业科技自主创新基金项目[CX(12)1005-2] 

出 版 物：《江苏农业学报》 (Jiangsu Journal of Agricultural Sciences)

年 卷 期：2013年第29卷第6期

页      码：1271-1277页

摘      要：为明确海蓬子EST序列中SSR的总体特征,开发海蓬子EST-SSR引物,从NCBI网站下载海蓬子及其近缘植物EST序列,利用Cross match等软件过滤掉载体序列、polyA/T和过短或过长的低质量序列,经CAP3软件拼接后获得非冗余EST,然后用在线软件SSRIT从这些序列中查找SSR,采用primer5.0软件设计SSR引物,并进行PCR扩增,对引物适用性进行评价。结果表明,截止2013年5月,NCBI数据库共有海蓬子相关EST序列1 439条,经软件处理后获得无冗余EST序列1 139条,总长542 084 bp,从这些序列中搜索到210个SSR,分布于167条EST中,出现频率为14.66%。SSR平均分布距离为2.58 kb,平均长度为14.56 bp;三核苷酸重复是主导类型,占ESTSSRs总数的40.95%,其次为四核苷酸和五核苷酸重复,分别占29.52%和13.33%;二核苷酸占11.90%,六核苷酸最少,仅占4.29%。在所有类型的重复基元中,ACT/AGT类型最多,占10.95%,其次为AAT/ATT和ACG/CGT,分别占8.10%和6.67%。随机挑选了30个SSR位点,根据其两侧保守序列,设计并合成了相应的EST-SSR引物,对海蓬子DNA进行PCR检测分析,结果有14对引物获得了清晰的条带,进一步将其中的5对引物对10个样本小群体进行了验证,结果显示有较好的多态性。该研究结果表明海蓬子EST序列中含有高频率的SSR位点,ESTSSR标记开发效率较高,为进一步开展海蓬子分子标记研究提供了一批适用的EST-SSR引物。

主 题 词：海蓬子属 EST SSR分析 标记开发 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-4440.2013.06.015

馆 藏 号：203111955...