黄秆乌哺鸡竹转录组EST-SSR分子标记开发与应用

作     者：娄永峰 甘然 朱成磊 肖复明 高志民 Lou Yong-Feng;Gan Ran;Zhu Cheng-Lei;Xiao Fu-Ming;Gao Zhi-Min

作者机构：江西省林业科学院江西省植物生物技术重点实验室南昌330032 国际竹藤中心国家林业和草原局/北京市竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102 

基　　金：国家林木种质资源共享服务平台(2005DKA21003) 国际竹藤中心基本科研业务费专项(1632020004) 

出 版 物：《植物科学学报》 (Plant Science Journal)

年 卷 期：2022年第40卷第3期

页      码：355-364页

摘      要：基于黄秆乌哺鸡竹(Phyllostachys vivax McClure *** ***)转录组数据,利用生物信息学方法分析其SSR位点分布特征,同时针对“黄秆”和“绿秆”两种类型差异表达基因序列中的SSR位点设计引物,并利用刚竹属(Phyllostachys)材料验证其通用性。结果显示,从黄秆乌哺鸡竹89874个Unigenes序列中,共鉴定出12651个SSR位点,分布频率为14.07%;其中单核苷酸重复基序最多(51.02%)、其次为3核苷酸(25.61%)和2核苷酸(21.94%);共发现80种重复基序,其中出现频率最高的为A/T(46.60%),其次是AG/CT(13.97%)和CCG/CGG(9.90%)。在设计的51对引物中,44对(86.27%)能有效扩增,在刚竹属材料中平均通用性为92.41%,其中39对具有多态性,多态性EST-SSR标记能区分同属的不同种,但不能有效区分种内种质资源。

主 题 词：黄秆乌哺鸡竹 转录组 EST-SSR标记 通用性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 090102[090102] 

核心收录：

D　O　I：10.11913/PSJ.2095-0837.2022.30355

馆 藏 号：203112747...