欧美杨细菌性溃疡病菌基因组测序与分析

作     者：张立春 肖丹丹 付田田 王延伟 Zhang Lichun;Xiao Dandan;Fu Tiantian;Wang Yanwei

作者机构：北京林业大学生物科学与技术学院林木育种国家工程实验室林木花卉遗传育种教育部重点实验室林木分子设计育种高精尖创新中心北京100083 

基　　金：国家自然科学基金项目(32071504 31670671)共同资助 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2022年第41卷第2期

页      码：331-343页

摘      要：欧美杨细菌性溃疡病菌(Lonsdalea populi)是引起杨树溃疡病的主要病原菌,它可引起树干形成层的破坏和树皮的局部坏死。为挖掘其致病基因,本研究利用二代和三代测序技术对欧美杨细菌性溃疡病菌N-5-1进行了全基因组测序。结果表明:该病菌菌株染色体和质粒大小分别为3832567 bp和11289 bp,GC含量分别为55.42%和56.32%。通过对基因组的分析,共预测到3556个基因,在GO、KEGG和COG数据库分别注释到2348个、2785个和2374个基因。进一步利用Ⅲ型分泌系统数据库注释到501个编码分泌蛋白的基因,在病原互作数据库中注释到了427个病原与宿主互作的基因,其中13个为效应子基因。通过与Lonsdalea属的其他病原菌的基因组进一步比较发现,菌株Lonsdalea populi N-5-1的基因组与Lonsdalea iberica LMG 26264和Lonsdalea populi L2-3的基因组存在良好的共线性关系,且与Lonsdalea populi L2-3的亲缘关系更近。本研究为解析欧美杨细菌性溃疡病菌的基因组结构、功能及亲缘关系提供了科学基础,并为后续深入研究其致病基因及开展树木抗病分子育种提供了基因组信息和基因资源。

主 题 词：欧美杨细菌性溃疡病菌 全基因组测序 比较基因组学 杨树 溃疡病 

学科分类：09[农学] 0904[农学-动物医学类] 

核心收录：

D　O　I：10.13417/j.gab.041.000331

馆 藏 号：203112838...