幼年特发性关节炎10p11.21遗传位点敲除的单克隆细胞系的建立

作     者：张四鹏 李津 ZHANG Si-peng;LI Jin

作者机构：天津医科大学基础医学院细胞生物学系天津300070 

基　　金：天津市自然科学基金(18JCYBJC42700) 

出 版 物：《天津医科大学学报》 (Journal of Tianjin Medical University)

年 卷 期：2022年第28卷第4期

页      码：372-377页

摘      要：目的:建立幼年特发性关节炎10p11.21遗传位点敲除的单克隆细胞系。方法:首先利用自身免疫病致病变异的遗传和表观遗传精细定位平台鉴定10p11.21遗传位点可能的因果变异;通过全表型组关联研究(PheWAS)数据库确定这一位点的因果变异与其他疾病的相关性;荧光素酶报告基因实验来验证候选因果变异是否具有转录调控功能;利用CRISPR/Cas9技术将因果变异所在基因组区域进行敲除。结果:生物信息学分析的结果显示10p11.21遗传位点的单核苷酸多态性(SNP)rs7100025的PICS值为0.7057,可能是这一位点的因果变异;PheWAS数据库检索结果显示rs7100025与多种免疫疾病具有显著相关性;rs7100025具有调控基因转录的功能,正向插入包含G等位基因和A等位基因的rs7100025序列可以提高荧光素酶表达水平,并且G等位基因相较于A等位基因效果更加明显;成功设计构建了删除rs7100025所在基因组区域的guide RNA质粒,并在Jurkat细胞系中将rs7100025位点进行敲除。筛选得到的单克隆细胞系的基因型在Sanger测序中得以验证。结论:精细定位幼年特发性关节炎10p11.21遗传位点可能的因果变异rs7100025(PICS值为0.7057),并成功建立这一变异敲除的单克隆Jurkat细胞系,敲除的片段大小为456 bp。

主 题 词：全基因组关联分析 因果变异的精细定位 荧光素酶报告基因 基因编辑 单克隆细胞系 

学科分类：1001[医学-基础医学] 100101[100101] 10[医学] 

馆 藏 号：203113512...