冬凌草转录组SSR位点分析及多态性初步评价

作     者：苏秀红 李庆磊 陈随清 董诚明 杨晶凡 尹雷 SU Xiuhong;LI Qinglei;CHEN Suiqing;DONG Chengming;YANG Jingfan;YIN Lei

作者机构：河南中医药大学药学院河南郑州450046 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(81173486) 河南中医学院创新人才资助项目(2011XCXRC02) 河南中医学院博士科研基金资助项目(BSJJ2009-10) 河南省高等学校青年骨干教师计划资助项目(2011GGJS-089) 河南省教育厅科学技术研究重点资助项目(13A360613) 

出 版 物：《北方园艺》 (Northern Horticulture)

年 卷 期：2016年第4期

页      码：93-96页

摘      要：以冬凌草转录组为研究对象,使用Microsatellite(MISA)软件进行SSR搜索,分析冬凌草中SSR位点信息,并利用Primer 3设计SSR引物,对其多态性进行初步评价。结果表明:研究共发现11 114个SSR,分布于8 873条独立基因(Unigenes)中,SSR位点出现频率为24.90%,共有55种重复基元,平均每3 517bp含1个SSR位点。SSR位点所包含的重复类型中,二核苷酸重复是主要类型,占总SSR的47.71%;其次是单碱基重复类型(35.46%)。SSR所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T和二核苷酸重复基元AG/CT是优势重复基元,分别占总SSR的34.95%、30.16%。多态性进行评价结果表明冬凌草转录组SSR类型丰富,多态性潜能高。

主 题 词：冬凌草 转录组 SSR 

学科分类：1008[医学-中药学类] 10[医学] 

D　O　I：10.11937/bfyy.201604025

馆 藏 号：203113597...