靶标-配体构象采样增强型动力学研究

作     者：陈建中 包华音 王伟 庞来学 

作者机构：山东交通学院理学院山东济南250357 山东中医药大学药学院山东济南250355 

基　　金：国家自然科学基金项目(11574184、11504206) 山东省自然科学基金项目(ZR2021MA069、ZR2017MA040、ZR2020ME231) 山东省重点研发项目(2019GGX102050)支持 

出 版 物：《中国科技成果》 (China Science and Technology Achievements)

年 卷 期：2022年第23卷第15期

页      码：5-6页

摘      要：靶标-配体识别机理高效而又合理的预测在药物设计中起重要作用,也能为抗新型冠状病毒药物研发提供理论指导.结合自由能和靶标构象变化是研究靶标-配体识别机理的两个关键内容.自由能微扰(FEP)、热力学积分(TI)、MM-PBSA/MM-GBSA和溶解相互作用能(SIE)等方法被广泛使用于计算配体与靶标的结合自由能,已在评价配体同靶标亲和性上获得成功.分子动力学模拟是一种基于牛顿力学的构象演化方法,克服了实验技术获取靶标动力学信息的困难,它能在原子层次上实时监控靶标-配体复合体的构象变化,而且其记录原子坐标的动力学轨迹中蕴含着重要的焓、熵和自由能等信息.但是由于靶标-配体系统能垒的存在,传统分子动力学采样的靶标构象可能限于局部的能量最小空间,致使不充分的构象采样,获取不合理的热力学信息.基于此困难,该工作采用多分本分子动力学(MRMD)、副本互换动力学(REMD)、伞取样和多副本高斯型加速动力学(MR-GaMD)模拟增强靶标-配体系统的构象采样.

主 题 词：牛顿力学 结合自由能 高斯型 构象变化 分子动力学 能垒 药物研发 药物设计 

学科分类：081704[081704] 07[理学] 070304[070304] 08[工学] 0817[工学-轻工类] 0703[理学-化学类] 

D　O　I：10.3772/j.issn.1009-5659.2022.15.004

馆 藏 号：203114208...