一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法

作     者：杨坤 王希诚 YANG Kun;WANG Xi-cheng

作者机构：大连理工大学工程力学系大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室大连116023 

基　　金：国家重点基础研究发展规划(973)(2009CB918501) 国家自然科学基金(10772042)资助项目 

出 版 物：《计算力学学报》 (Chinese Journal of Computational Mechanics)

年 卷 期：2010年第27卷第6期

页      码：953-958页

摘      要：提出一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法。首先,通过建立蛋白质复合物解离的多目标优化模型找出一条能耗小、速度快的拉伸分子动力学SMD(Steered Molecular Dynamics)解离路径,然后,沿此路径计算解离自由能。与Jarzynski按平均力势PMF(Potentials of Mean Force)的外推方法相比,本文方法有较高的预测效率,数值算例也给出了与实验值比较的预测精度。通过拉伸分子动力学模拟还可以揭示小配体与蛋白质之间的解离全过程,为药物设计提供重要的结构信息。

主 题 词：拉伸分子动力学 遗传算法 信息熵 平均力势 解离自由能 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071010[071010] 07[理学] 0701[理学-数学类] 0801[工学-力学类] 0702[理学-物理学类] 0812[工学-测绘类] 

核心收录：

馆 藏 号：203114887...