基于本地BLAST的高通量引物设计R包(LightPrimer)及其应用

作     者：熊亚俊 陈伊洁 邹娟 张帆 XIONG Ya-jun;CHEN Yi-jie;ZOU Juan;ZHANG Fan

作者机构：长江大学湖北荆州434025 粮食作物种质创新与遗传改良省重点实验室湖北省农业科学院粮食作物研究所湖北武汉430064 

基　　金：粮食作物种质创新与遗传改良湖北省重点实验室开放课题(2019lzj05) 

出 版 物：《中国油料作物学报》 (Chinese Journal of Oil Crop Sciences)

年 卷 期：2022年第44卷第5期

页      码：1130-1138页

摘      要：引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列,进行片段化处理,然后将片段与基因组进行本地BLAST比对,通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段,然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3’末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选,得到候选引物列表,并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点,可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载(https://***/YangtzeSoyGDB/***)。

主 题 词：本地BLAST 高通量 引物设计 R语言 

学科分类：09[农学] 0904[农学-动物医学类] 090401[090401] 

核心收录：

D　O　I：10.19802/j.issn.1007-9084.2021258

馆 藏 号：203115454...