基于全长转录组信息的枸杞SSR标记开发

作     者：秦英之 车佳航 尹跃 饶书培 安巍 戴国礼 陈金焕 QIN Ying-zhi;CHE Jia-hang;YIN Yue;RAO Shu-pei;AN Wei;DAI Guo-li;CHEN Jin-huan

作者机构：北京林业大学生物科学与技术学院/林木、花卉育种生物工程国家林业和草原局重点实验室北京100083 宁夏农林科学院枸杞科学研究所银川750002 

基　　金：国家林业和草原局林业行业标准制定(2020-LY-063) 宁夏回族自治区农业育种专项项目(2018NYYZ01-05) 宁夏回族自治区重点研发技术项目(2021BEF02005) 

出 版 物：《植物遗传资源学报》 (Journal of Plant Genetic Resources)

年 卷 期：2022年第23卷第6期

页      码：1816-1827页

摘      要：枸杞是茄科枸杞属的重要经济植物,广泛分布于我国西北地区,环境适应性强。本研究分析了枸杞基因组中SSR的分布特征,并基于宁杞1号全长转录组开发SSR分子标记,对28个枸杞种质进行遗传多样性分析和亲缘关系分析。用MISA软件搜索全长转录组中SSR位点,设计并筛选多态性好的SSR引物,对206对引物经过毛细管电泳筛选后最终选出23对引物对28个不同分布区的枸杞种质进行遗传多样性分析,遗传相似系数用非加权组平均法(UPGMA)聚类。23对引物共扩增得到240个等位基因,每个位点的等位基因数范围为4~17,Shannon信息指数范围为1.177~2.487,期望杂合度和观测杂合度的范围分别为0.635~0.909和0.250~0.964,PIC的范围是0.580~0.902。遗传距离聚类分析显示28份枸杞种质在遗传相似系数为0.71时被分为4类,宁夏枸杞为Ⅰ类,中国枸杞为Ⅱ类,黑果枸杞为Ⅲ类,Ⅳ类中只有中国枸杞种的枸杞岛种质。利用全长转录组序列可以高质量实现枸杞SSR标记开发,新开发的23对引物后续可用于枸杞种质遗传多样性分析和分子标记辅助育种工作。

主 题 词：枸杞 全长转录组 SSR标记 种质鉴定 遗传多样性评价 

学科分类：1008[医学-中药学类] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.13430/j.cnki.jpgr.20220330004

馆 藏 号：203115519...