基于转录组数据的海南油茶SSR分子标记的开发与评价

作     者：宋家明 李欣窈 张诗慧 赖杭桂 胡新文 周扬 陈健妙 王健 庞真真 Song Jiaming;Li Xinyao;Zhang Shihui;Lai Hanggui;Hu Xinwen;Zhou Yang;Chen Jianmiao;Wang Jian;Pang Zhenzhen

作者机构：海南大学热带作物学院海口570228 海南大学园艺学院海口570228 

基　　金：海南省重点研发计划项目(ZDYF2021XDNY273) 国家热带植物种质资源库油茶种质资源分库项目(HD-KYH-2020009) 海南省油茶(山柚)产业技术联盟项目(kjcgzh017) 海南省研究生创新科研课题(Hyb2020-14)共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2022年第20卷第20期

页      码：6791-6801页

摘      要：为了深入了解海南油茶转录组中SSR的分布特点,服务于海南油茶品种选育及种质资源鉴定,本研究使用新一代高通量Illumina转录组测序技术获得高质量海南油茶转录组数据,开发了大量基于转录组的SSRs并对其进行分析与筛选。本研究对海南油茶转录组中的170891条Unigenes中的SSR位点进行了分析,其中在64215 Unigenes中共含有101163个SSR位点,SSR发生频率为37.60%。分析得到转录组SSR重复序列的长度在10~231 bp之间,平均长度为29.13 bp。根据这些SSR位点,利用Primer 3软件设计引物63827对,占SSR总数的63.09%。在所有引物序列中随机挑选96对引物,经PCR扩增验证后共得到74对(占77%)有效引物。通过进一步优化,筛选出扩增效果好、多态性好的16对SSR引物,进而利用这16对引物对20个海南油茶良种开展了遗传多样性分析。以上结果表明,基于海南油茶转录组数据开发的SSR分子标记丰富了海南油茶分子标记的数量,为海南油茶遗传多样性分析、种质资源鉴定提供了可靠的标记来源。

主 题 词：海南油茶 转录组 SSR标记 种质资源 遗传多样性 

学科分类：0907[农学-草药学] 08[工学] 0829[工学-安全科学与工程类] 09[农学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.020.006791

馆 藏 号：203115519...