鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析

作     者：韩坤 梁琳 李复煌 梁瑞英 汤新明 丁家波 HAN Kun;LIANG Lin;LI Fuhuang;LIANG Ruiying;TANG Xinming;DING Jiabo

作者机构：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193 农业农村部动物生物安全风险预警及防控重点实验室(北方)北京100193 西北农林科技大学动物医学院陕西杨凌712199 北京市畜牧总站北京100101 

基　　金：中国农业科学院创新工程计划(ASTIP-IAS15) 

出 版 物：《微生物学通报》 (Microbiology China)

年 卷 期：2022年第49卷第12期

页      码：5034-5044页

摘      要：【背景】鸽新城疫是由鸽Ⅰ型副黏病毒(pigeon paramyxovirus typeⅠ,PPMV-1)感染引起的危害最严重的疫病之一,至今尚无有效的防控制剂。【目的】分析鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组信息及系统发育关系,为鸽新城疫的防控提供科学依据。【方法】设计首尾重叠的6对特异性引物,利用分段扩增的方法,以鸽新城疫病毒BJ-C株基因组cDNA为模板,分别扩增、测序后进行全基因组序列拼接。以NCBI数据库中发布的新城疫病毒序列为参考,针对鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组、F基因建立系统发育树。【结果】鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组全长为15192 nt。基于全基因组的系统发育分析发现其与PPMV-1/BJ-01/CH株的系统发育关系最近,核苷酸相似性为99.96%,氨基酸相似性高达100%,属于同一个分支,而与LaSota疫苗株等其他新城疫毒株的亲缘关系相对较远。基于F基因序列的系统发育树分析发现BJ-C株F基因与我国的BJP2013株同属一个分支。ClassⅡ类Ⅵ亚型F基因高变区序列(47-420nt)比对结果显示,安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012、广东株Pigeon/Guangdong/GZ288/2013、北京株BJP13、浙江株Pigeon/Zhejiang/2036/2012及比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011等与BJ-C毒株处于同一个分支,同属Ⅵb亚型。【结论】本研究获得了鸽新城疫病毒BJ-C株全基因组序列,分析了其系统发育关系,确定其属于ClassⅡ类Ⅵb型,为后续防控产品的开发提供了理论依据。

主 题 词：鸽新城疫病毒 全基因组测序 F基因 系统发育分析 

学科分类：090601[090601] 09[农学] 0906[农学-水产类] 

核心收录：

D　O　I：10.13344/j.microbiol.china.220644

馆 藏 号：203115664...