金佛山方竹笋箨转录组SNP和SSR位点信息分析

作     者：朱潇 代朝霞 刘艳江 伍明理 Zhu Xiao;Dai Zhaoxia;Liu Yanjiang;Wu Mingli

作者机构：贵州大学生命科学学院农业生物工程研究院山地植物资源保护与保护种质创新教育部重点实验室山地生态与农业生物工程协同创新中心贵阳550025 贵州大学竹类研究所贵阳550025 贵州大学林学院贵阳550025 

基　　金：国家科技支撑计划课题(2015BAD04B0204) 贵州省教育厅攻关项目(黔教合KY062)共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2022年第20卷第24期

页      码：8152-8159页

摘      要：金佛山方竹是中国西南地区特有的笋用竹种,目前关于金佛山方竹品种选育的研究还不够完善。本研究对金佛山方竹3个发育部位笋箨进行转录组测序,利用Varscan和MISA程序分析、比较转录组序列中SNP和SSR的特征。研究表明,99 744条Unigene序列中含有18 560个SSR,发生频率为15.22%,重复基元共181种,SSR位点以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元为主,合计占比96.57%,基元长度在12~20 bp的SSR占比53.28%,具有中等多态性。设计共获得14 888对SSR引物。搜索到的SNP位点分别为CK-S:536 642个、CK-Z:552 763个、CK-X:523 844个,SNP的主要类型是转换型,共计506 057个。金佛山方竹笋箨转录组测序得到的SSR和SNP位点数量多、多态性好、类型丰富,可以为金佛山方竹的品质鉴定、分子辅助育种、遗传多样性分析等提供一定的理论依据。

主 题 词：金佛山方竹笋箨 转录组 SNP SSR 

学科分类：0907[农学-草药学] 08[工学] 0829[工学-安全科学与工程类] 09[农学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.020.008152

馆 藏 号：203116111...