基于二代测序技术的玉米内标准基因扩增子的筛选与评估

作     者：陈利红 周俊飞 梁晋刚 李甜甜 王颢潜 方治伟 陈红 彭海 CHEN Lihong;ZHOU Junfei;LIANG Jingang;LI Tiantian;WANG Haoqian;FANG Zhiwei;CHEN Hong;PENG Hai

作者机构：江汉大学生命科学学院湖北武汉430056 农业农村部科技发展中心北京100176 

基　　金：农业生物育种重大项目(2022ZD04020) 湖北省自然科学基金面上项目(2021CFB563) 武汉市科技局应用基础前沿专项(2020020601012234) 

出 版 物：《食品科学》 (Food Science)

年 卷 期：2023年第44卷第20期

页      码：146-154页

摘      要：通过对先前研究报道的7个内标准基因的核苷酸序列分析,设计13个扩增区域(扩增子);利用208个普通玉米品种(系)对这13个扩增子进行高通量测序与分析,并对其序列保守性、特异性、检出稳定性及其动态检测范围进行评估,以获得合适的基于二代测序技术定量检测玉米DNA含量或拷贝数的内标准基因扩增子。结果显示,7个内标准基因的13个扩增子在208个玉米样品中的检出率为94.7%~100%,而在水稻、大豆、棉花、白菜等25个非玉米样品中均未被检出,基本符合内标准基因种内高度一致与种间高度特异的标准;种内保守性分析显示E3-UBI-1扩增子不含单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,InDel),而剩余12个扩增子至少含有一个SNP或InDel;稳定性分析结果显示最不稳定的内标准基因扩增子是IVR,最稳定的是ADH1-2;它们的动态检测范围为0.2~200 ng。综合上述结果,ADH1-2与E3-UBI-1比较适合作为二代测序技术平台中定量检测玉米DNA含量或转基因玉米成分的内标准基因扩增子。

主 题 词：玉米 二代测序 内标准基因 定量检测 稳定性 

学科分类：1004[医学-公共卫生预防医学类] 100403[100403] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.7506/spkx1002-6630-20221101-006

馆 藏 号：203116244...