茶树EST-SSRs分布特征及引物开发

作     者：王丽鸳 姜燕华 段云裳 成浩 周健 曾建明 WANG Li-yuan;JIANG Yan-hua;DUAN Yun-shang;CHENG Hao;ZHOU Jian;ZENG Jian-ming

作者机构：中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心杭州310008 南京农业大学南京210095 

基　　金：国家科技基础条件平台建设计划(2005DKA21002) 

出 版 物：《植物遗传资源学报》 (Journal of Plant Genetic Resources)

年 卷 期：2009年第10卷第4期

页      码：511-516页

摘      要：为了在茶树中开发EST-SSRs功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288奈茶树（Camellia subebsus）ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列，得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有385条，共486个EST-SSRs，平均相隔2．10kb出现1个SSR。在2～6bp的重复基元中，二核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高（51．97％），其次是三核苷酸（19．55％）。对所有的重复基元类型进行统计分析发现，所占比例最高的是AG／CT（47．74％），其次分别是AT／TA（4．73％）和AAG／CTT（4．73％）。利用Prime5软件，设计了206对EST-SSRs引物，随机选用72对引物进行SSR扩增，发现31对引物可以扩增出条带，其中29对引物具有多态性，多态性比率为93．5％。这些EST-SSRs将有助于茶树基因组学方面的研究。

主 题 词：茶树 EST-SSRs 分子标记 多态性 

学科分类：09[农学] 090203[090203] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 

核心收录：

D　O　I：10.13430/j.cnki.jpgr.2009.04.006

馆 藏 号：203117930...