分子动力学研究V82A和L90M变异对HIV PR-IDV复合物的影响

作     者：扈国栋 陈建中 时术华 伊长虹 张少龙 张庆刚 HU Guo-Dong;CHEN Jian-Zhong;SHI Shu-Hua;YI Chang-Gong;ZHANG Shao-Long;ZHANG Qiang-Gang

作者机构：山东师范大学物理与电子科学学院济南250014 

基　　金：国家自然科学基金(No.10874104) 山东省自然科学基金(No.Z2007A05) 山东省优秀中青年科学家科研奖励基金(No.2008BS01013)资助项目 

出 版 物：《化学学报》 (Acta Chimica Sinica)

年 卷 期：2010年第68卷第7期

页      码：603-610页

摘      要：为了说明V82A和L90M变异对蛋白酶(PR)和茚地那韦(IDV)复合物的影响,进行了5.5ns的MD模拟.用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,计算和实验结果一致.分解自由能为不同能量项说明,这两个变异引起熵的贡献变化大于焓的贡献变化.分解自由能到每个残基说明Wild,V82A和L90M具有相似的结合模式,结合能的贡献主要来源于A28/A28 ,I50/I50 和I84/I84 这六个残基组,详细分析了Wild和IDV的结合模式,对比分析了V82A和L90M变异引起结合模式的细小变化.V82A变异引起结合模式的变化是由于变异后位阻减小导致的.L90M变异引起D25和L90间的作用增强并引起结合模式的细小变化.研究结果有助于更好地理解变异对抑制剂和HIV-1PR结合模式的影响,并可以用来帮助设计更高效的PR抑制剂.

主 题 词：HIV-1蛋白酶 变异 分子动力学模拟 

学科分类：1007[医学-药学类] 100705[100705] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 0703[理学-化学类] 10[医学] 

核心收录：

馆 藏 号：203117944...