基于重测序的‘金兰柚’基因组InDel标记的开发及应用

作     者：汤雨晴 杨惠栋 闫承璞 王斯妤 王雨亭 胡钟东 朱方红 TANG Yuqing;YANG Huidong;YAN Chengpu;WANG Siyu;WANG Yuting;HU Zhongdong;ZHU Fanghong

作者机构：江西省农业科学院园艺研究所南昌330200 

基　　金：江西省重大科技研发专项(20203ABC28W014) 江西现代农业科研协同创新专项(JXXTCX201904-04) 国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目(CARS-26) 江西省现代农业产业技术体系建设专项资金项目(JXARS-07) 

出 版 物：《园艺学报》 (Acta Horticulturae Sinica)

年 卷 期：2023年第50卷第1期

页      码：15-26页

摘      要：基于重测序进行金兰柚全基因组InDel标记开发。利用二代测序技术对‘金兰柚’进行全基因组重测序,运用BWA软件将测序得到的片段与参考基因组序列进行比对,利用严格的参数筛选杂合InDel,结合Primer 3.0设计扩增引物,进行PCR扩增并利用琼脂糖凝胶电泳验证,以重测序材料‘金兰柚’和47份柚品种检测其有效性。在全基因组范围内共筛选出81对扩增条带清晰的引物。筛选出的多态性标记涵盖了整个‘金兰柚’基因组,平均每条染色体上9个。选取的24对InDel标记可以将48份柚品种有效区分,最少使用2对引物就可将‘金兰柚’与其他47份柚品种完全区分。利用UPGMA构建48份柚品种的聚类树状图,在遗传相似系数为0.611的阈值处可将48个柚品种分为3大类群。本研究中的InDel标记带型简单易读,适宜柚DNA指纹图谱构建和品种鉴定,可为柚名优品种保护、原产地溯源管理等提供科学依据。

主 题 词：柚 重测序 InDel标记 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090201[090201] 

核心收录：

D　O　I：10.16420/j.issn.0513-353x.2021-0935

馆 藏 号：203117967...