MPI+OpenMP混合并行编程模型在分子动力学中的应用

作     者：张坤峰 张苏 ZHANG Kunfeng;ZHANG Su

作者机构：周口师范学院计算机科学与技术学院河南周口466001 

出 版 物：《周口师范学院学报》 (Journal of Zhoukou Normal University)

年 卷 期：2022年第39卷第5期

页      码：71-75页

摘      要：针对分子动力学串行计算速度不足问题,设计一种基于MPI+OpenMP的并行编程模型,实现LAMMPS并行计算。从而满足在节点间采用MPI进行消息传递并行,在节点内采用OpenMP共享内存模式多线程并行;最后根据分子动力学自身计算特点,对近邻表的构建以及力的计算进行优化,同时将并行结果和串行结果以及纯OpenMP运行时间和混合模型运行时间作对比。实验结果表明,采用MPI+OpenMP混合并行编程模型不仅能够加快计算速度,而且具有很好的扩展性。

主 题 词：分子动力学 MPI+OpenMP 并行编程模型 LAMMPS 

学科分类：081203[081203] 08[工学] 0835[0835] 0812[工学-测绘类] 

D　O　I：10.13450/j.cnki.jzknu.2022.05.014

馆 藏 号：203118533...