戊烷与颗粒型甲烷单加氧酶的相互作用研究

作     者：唐典勇 刘嵬 胡建平 孙国峰 张元勤 常珊 TANG Dian-Yong;LIU Wei;HU Jian-Ping;SUN Guo-Feng;ZHANG Yuan-Qin;CHANG Shan

作者机构：乐山师范学院化学与生命科学学院分子设计中心乐山614004 成都大学药食同源植物资源开发重点实验室成都610106 华南农业大学信息学院广州510642 

基　　金：四川省中医药管理局科技专项(No.201003) 乐山市科技局重点研究计划(No.2011SZD109)资助项目 

出 版 物：《化学学报》 (Acta Chimica Sinica)

年 卷 期：2011年第69卷第24期

页      码：2939-2946页

摘      要：颗粒型甲烷单加氧酶(Particulate methane monooxygenase,PMMO)是一个与细胞膜结合的金属酶,能将烷烃生物催化为醇.研究PMMO与烷烃的结合模式及催化机制将有利于设计合成一个新的模拟酶,进而有效地利用烷烃作为新能源.用分子对接方法获得了PMMO单体与一系列烷烃的结合模式,并对PMMO单体和PMMO-戊烷复合物进行了6 ns的分子动力学模拟,最后对复合物进行了构象成簇及结合能分析.结果表明,戊烷结合到靠近Zn2+的疏水口袋中,该口袋由pmoA亚基的M45～W60和R190～T193以及pmoC亚基的Q161’三个片段组成.动力学结果表明,与PMMO单体比,PMMO-戊烷复合物保持着相近的运动模式,但幅度更明显,另外,戊烷在疏水口袋中的大幅度运动对于PMMO发挥催化作用是必须的.结合能计算揭示疏水相互作用是戊烷与PMMO稳定识别的主要驱动力,所有模拟结果与实验数据吻合较好.

主 题 词：颗粒型甲烷单加氧酶 戊烷 分子对接 分子动力学 相互作用 

学科分类：081704[081704] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-轻工类] 070303[070303] 0703[理学-化学类] 

核心收录：

D　O　I：10.6023/A1102282

馆 藏 号：203118827...