基于转录组测序的枫香EST-SSR引物开发及有效性评价

作     者：李辉 冯源恒 唐生森 杨章旗 LI Hui;FENG Yuanheng;TANG Shengsen;YANG Zhangqi

作者机构：广西师范大学生命科学学院广西桂林541006 广西壮族自治区林业科学研究院国家林业和草原局马尾松工程技术研究中心广西马尾松工程技术研究中心广西优良用材林资源培育重点实验室南宁530002 

基　　金：广西科技基地和人才专项(桂科AD19254004) 八桂学者专项(2019A26) 

出 版 物：《广西植物》 (Guihaia)

年 卷 期：2023年第43卷第2期

页      码：327-335页

摘      要：枫香是广西重要的乡土树种之一,具有较高的用材、观赏及药用价值。为验证枫香SSR引物的实际应用效果,该研究基于转录组测序技术,检测枫香SSR位点并设计引物,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选出具有较高多态性的枫香EST-SSR引物,并对1个枫香天然群体进行遗传多样性分析。结果表明:(1)共发掘到23777个SSR位点,单核苷酸重复类型SSR位点占总位点比例最高(46.54%),在重复次数上5~12次之间的SSR位点占比最高(72.36%)。(2)共开发出262对SSR引物,有效扩增率为53.1%,最终筛选出扩增稳定、条带清晰的引物18对。(3)多态性检测结果显示所有位点均具有多态性,天然群体遗传多样性结果显示该天然群体中等位基因数量(Na)、有效等位基因数量(Ne)、Shannon多样性指数(I)、观测杂合度(Ho)变化范围分别为2~4、1.1128~2.6096、0.2089~1.1127和0.2759~1.0000,平均值分别为2.3333、1.9574、0.7085和0.7226。综上认为,枫香中占优势的SSR位点重复类型和重复基序与其他物种基本相同,所开发的18对枫香EST-SSR引物可以满足开展枫香群体遗传学研究的需要。该研究结果为后续枫香种群遗传多样性研究提供了丰富的标记引物,对该树种的保护、开发和利用具有重要意义。

主 题 词：枫香 转录组 SSR分子标记 引物开发 遗传多样性 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 090102[090102] 

D　O　I：10.11931/guihaia.gxzw202202046

馆 藏 号：203120997...