BEguider:一个单碱基编辑器sgRNA设计与编辑效率预测工具

作     者：高靖静 王晓月 GAO Jingjing;WANG Xiaoyue

作者机构：中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005 

基　　金：国家自然科学基金项目(No.32070603) 

出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)

年 卷 期：2023年第21卷第2期

页      码：106-113页

摘      要：单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱基编辑器sgRNA序列设计工具BEguider。BEguider利用TensorFlow 2深度学习框架建立编辑效率预测模型,能够在人基因组范围内针对NGG PAM序列依赖的单碱基编辑器ABE7.10-NGG和BE4-NGG批量设计sgRNA序列,预测编辑效率。此外,通过整合Cas-OFFinder,BEguider能够提供对sgRNA脱靶情况的评估。利用BEguider设计sgRNA序列,有助于研究人员提高实验效率,节约实验成本。

主 题 词：CRISPR/Cas9 单碱基编辑器 sgRNA设计 编辑效率 卷积神经网络 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 081203[081203] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0835[0835] 0836[0836] 090102[090102] 0812[工学-测绘类] 

D　O　I：10.12113/202201013

馆 藏 号：203121437...