樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因的克隆及生物信息学分析

作     者：张安勉 杨玉菊 王凤 李国泽 赵平 丁勇 ZHANG Anmian;YANG Yuju;WANG Feng;LI Guoze;ZHAO Ping;DING Yong

作者机构：西南林业大学云南省高校林木生物技术重点实验室云南昆明650224 西南林业大学西南地区林业生物质资源高效利用国家林业与草原局重点实验室云南昆明650224 

基　　金：国家自然科学基金项目(31960073) 国家级大学生创新创业训练计划项目(202110677012) 云南省生物学质量工程项目(503190106) 

出 版 物：《中南林业科技大学学报》 (Journal of Central South University of Forestry & Technology)

年 卷 期：2023年第43卷第7期

页      码：159-169页

摘      要：【目的】克隆樟叶越桔稳定内参基因60S核糖体蛋白L9基因全长cDNA和基因组DNA序列,并分析其序列特征及密码子偏好性,为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考。【方法】在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上,筛选60S核糖体蛋白L9基因cDNA序列并设计特异性引物,以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板,应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列,并克隆、测序、进行序列分析。同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数(CAI)、相对密码子使用度(RSCU)、同义密码子第三位核苷酸的GC含量(GCS3)、有效密码子数(ENC)。【结果】克隆获得樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因666 bp cDNA序列(NCBI:ON637115)和2224 bp基因组DNA序列(NCBI:ON584188),将该基因命名为VdRPL9。VdRPL9基因含有2个内含子,分别为1616 bp的intron1、144 bp的intron2。VdRPL9基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长585 bp,其翻译编码194个氨基酸残基构成VdRPL9蛋白。从动物、植物和真菌RPL9蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9基因在进化上极度保守,具有共同的祖先。相比于RSCU聚类树,RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系。VdRPL9基因偏好性强的密码子(RSCU>1)共有25个、且多以CG结尾,CAI和ENC的值分别为0.29和51.8,故推测该基因表达水平偏低。【结论】本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9基因序列及序列特征,并分析了VdRPL9基因的密码子特征。这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子,提高其在樟叶越桔中的表达水平,探究其表达调控及作用机制奠定了基础。

主 题 词：核糖体蛋白L9 基因克隆 密码子偏好性 樟叶越桔 

学科分类：0907[农学-草药学] 090705[090705] 08[工学] 09[农学] 0834[0834] 

核心收录：

D　O　I：10.14067/j.cnki.1673-923x.2023.07.016

馆 藏 号：203122385...