青海草原毛虫转录组分析及SSR位点开发

作     者：南彦斌 许嘉诚 何啟玥 潘学能 周渊涛 NAN Yan-bin;XU Jia-cheng;HE Qi-yue;PAN Xue-neng;ZHOU Yuan-tao

作者机构：青海大学农牧学院青海西宁810016 

基　　金：青海省科技厅青年基金项目 草原毛虫嗅觉感受分子机理的研究(2022-ZJ-949Q)资助 

出 版 物：《草地学报》 (Acta Agrestia Sinica)

年 卷 期：2023年第31卷第9期

页      码：2653-2662页

摘      要：青海草原毛虫(Gynaephora qinghaiensis)是青藏高原牧区重要的害虫之一。本研究采用Illumina HiSeqTM2000高通量测序平台对青海草原毛虫成虫和4龄幼虫进行转录组测序,在此基础上筛选其微卫星(Single sequence reperts, SSR)位点并挖掘微卫星引物。本研究共获得63 335条unigenes,有12 597个微卫星位点分布于9 851条unigenes中。通过KOG,GO注释和KEGG通路数据库分析发现,unigenes注释主要集中于一般功能预测、细胞进程和碳水化合物代谢过程。SSR重复类型主要为单核苷酸和二核苷酸重复,(A/T)n是单核苷酸重复中最主要的基元类型,占总SSR位点的71.37%,(AC/GT)n为二核苷酸重复的优势基元,占总SSR位点数的6.06%,且SSR数量随重复次数增加而降低,重复次数类型随基元序列长度增长而减少。利用Primer 3软件设计出2 714对青海草原毛虫SSR引物,随机挑出25对引物进行PCR验证,有11对引物扩增出目的DNA片段。本研究基于转录组数据成功筛选出青海草原毛虫微卫星位点,为进一步研究其种群遗传学和发生动态提供数据支撑。

主 题 词：青海草原毛虫 转录组分析 微卫星 分子标记 

学科分类：09[农学] 0903[农学-动物生产类] 090301[090301] 

核心收录：

D　O　I：10.11733/j.issn.1007-0435.2023.09.009

馆 藏 号：203123975...