蟾蜍TNFRSF11b、TNFRSF9基因克隆及生物信息学分析

作     者：苏岩 褚涵 余坤 潘瑞 叶陈娟 李军德 黄晓 张恬 SUN Yan;CHU Han;YU Kun;PAN Rui;YE Chen-juan;LI Jun-de;HUANG Xiao;ZHANG Tian

作者机构：重庆市中药研究院重庆市中药资源学重点实验室重庆400065 湖北中医药大学药学院湖北武汉430065 中国中医科学院中药资源中心重庆分中心重庆400065 中国中医科学院中药资源中心北京100700 中药资源与中药化学湖北省重点实验室湖北武汉430060 

基　　金：重庆市科技局绩效激励引导专项(cqac20190001) 湖北中医药大学2020年青苗计划资助项目(2020ZZX002) 

出 版 物：《中国现代中药》 (Modern Chinese Medicine)

年 卷 期：2023年第25卷第8期

页      码：1655-1667页

摘      要：目的:克隆中华蟾蜍肿瘤坏死因子受体超家族(TNFRSF)BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9基因的全长序列,并分析其序列特征。方法:根据转录组测序所得的TNFRSF11b、TNFRSF9基因片段设计特异性引物,以中华蟾蜍蟾皮为材料,利用逆转录聚合酶链式反应(PCR)技术获得BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9基因全长互补脱氧核糖核酸(cDNA)序列,并采用生物信息学手段分析其序列特征,通过实时荧光定量PCR方法检测BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9基因在中华蟾蜍7种组织/器官中的表达情况。结果:克隆获得蟾蜍BbgTNFRSF11b基因的全长cDNA序列为1233bp,编码410个氨基酸,理论相对分子质量为46.97kDa,等电点为8.64,不存在跨膜区及信号肽,为亲水性蛋白,具有多个磷酸化位点。BbgTNFRSF9基因的全长cDNA序列为829bp,编码247个氨基酸,理论相对分子质量为67.874kDa,理论等电点为5.12,存在信号肽,为疏水性蛋白,具有多个磷酸化位点,进化树分析发现BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9基因与其他动物TNFRSF11b、TNFRSF9基因相似度不高,表明该基因虽有特殊结构域但不同物种间差异较大。组织表达分析显示,BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9基因在耳后腺中表达显著高于其他部位。结论:成功获得蟾蜍BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9基因序列,掌握其序列特征,为后续深入研究该蛋白的功能提供参考。

主 题 词：蟾蜍 基因克隆 序列分析 肿瘤坏死因子受体超家族 

学科分类：1008[医学-中药学类] 1006[医学-中西医结合类] 100602[100602] 10[医学] 

D　O　I：10.13313/j.issn.1673-4890.20221117005

馆 藏 号：203123987...