多核超图神经网络单细胞分类算法

作     者：李荣远 龙法宁 Li Rongyuan;Long Faning

作者机构：广西师范大学计算机科学与工程学院广西桂林541004 玉林师范学院计算机科学与工程学院广西玉林537000 

基　　金：玉林师范学院校级科研项目(2019YJKY29) 

出 版 物：《计算机应用与软件》 (Computer Applications and Software)

年 卷 期：2023年第40卷第9期

页      码：303-307,340页

摘      要：单细胞RNA测序技术将大量基因表达谱测序出来,识别细胞类型或转录标记成为研究重点。基于聚类方法假定聚类中所有细胞属于同一类型,因此可进行集群标记,但这种假设通常是错误的,集群中除了主要细胞类型外,还包含少量占比的多种细胞类型,所以设计一种细胞类型分类器很有必要。基于此,提出一种基于特征选择的多核超图神经网络分类方法(HVG-MHGNN)。对单细胞数据进行预处理,选择高度变异基因(HVG);构造多种相似距离进行多核合并;构建超图学习模型;采用多类型scRNA-seq数据集验证该方法。实验结果表明,与主流分类方法scPred、原始超图HGNN和多核HVG-MHGNN对比,HVG-MHGNN在单细胞数据集上准确率及时间效率都有所提升。

主 题 词：scRNA-sq HVG-MHGNN 超图分类 多核 

学科分类：081203[081203] 08[工学] 0835[0835] 0812[工学-测绘类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-386x.2023.09.047

馆 藏 号：203124069...