基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法的建立

作     者：林琦 黄枝妙 翁育伟 何文祥 游丽斌 Lin Qi;Huang Zhimiao;Weng Yuwei;He Wenxiang;You Libin

作者机构：福建省疾病预防控制中心福建省人兽共患病研究重点实验室福州350012 

基　　金：福建省卫生健康科研人才培养项目(2022QNA062) 福建省卫生健康中青年科研重大项目(2021ZQNZD006) 

出 版 物：《中华实验和临床病毒学杂志》 (Chinese Journal of Experimental and Clinical Virology)

年 卷 期：2023年第37卷第5期

页      码：530-536页

摘      要：目的建立基于多重PCR的人3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)全基因组高通量测序方法,提高HAdV-3全基因组测序效率和成功率。方法设计适用于HAdV-3全基因组扩增的多重PCR引物,通过多重PCR扩增HAdV-3全基因序列,使用琼脂糖凝胶电泳初步验证扩增产物的特异性。使用Illumina二代测序对多重PCR产物进行高通量测序。获得序列后使用CLC、IGV等软件分析测序有效数据量、平均深度及全基因组覆盖度等质量参数,评估测序质量。基于全基因组测序结果构建系统发育树,确认病毒型别及分析序列的同源性,评价该方法的准确性。结果设计得到HAdV-3全基因组多重PCR扩增引物共计70条(35对),扩增子大小约1200 bp,预期基因组全长约35240 bp、全基因组覆盖度可达99.8%;电泳结果显示多重PCR产物大小与预期相符且扩增特异性高;高通量测序结果显示基于该方法所获病毒全基因组序列完整无缺失,基因组覆盖度达预期范围;序列质量分析显示基于多重PCR的高通量测序方法能获得更多有效数据和更大测序深度,全基因组覆盖更均匀;进化分析显示病毒DNA经多重PCR扩增再测序与病毒DNA直接测序所获序列的进化分型结果一致且同源性高,表明该多重PCR方法的扩增忠实性高,结合高通量测序所获序列结果准确。结论本研究成功建立了一种基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法,该方法能够提高HAdV-3全基因测序效率和成功率,旨在为基于全基因组测序的HAdV-3病原监测及疫情溯源提供更好的技术支持与参考。

主 题 词：人3型腺病毒 多重PCR 全基因组序列 高通量测序 

学科分类：1007[医学-药学类] 100705[100705] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 10[医学] 

D　O　I：10.3760/cma.j.cn112866-20230731-00012

馆 藏 号：203124218...